故事发生在近未来的日本，一个叫疏濑的城市中。市民们过着平凡的生活，只不过在城市的一角，山冈上矗立着外形酷似熨斗的医疗机器制造厂，每到固定时刻，那个工厂都会像刚烫完东西一样散发出大量的蒸汽。小学六年级学生直太，高中女生真见美，直太留学的哥哥的女友，三个人一起在河边打发时间。本该一如往常的日子，随着传说中的蜜蜂女——睛子驾驶的机车撞上直太而结束了。直太头上长出了奇怪的角，而睛子居然成为了直太家的佣人？！睛子的秘密与她常念起的“FLCL”的含义，令直太的生活有了翻天覆地的改变。