故事的主人公藤原拓海是个普通的高中男生，拥有无与伦比的飞车天赋。从中一开始，每天早上驾驶那辆AE86在秋名山上飞驰，练成了华丽(注意：是华丽)的驾驶技术。必须注意，他的车技之所以高明，是有赖于每天凌晨必须将父亲做的豆腐送到秋名山山顶的饭店。无论刮风、下雨、下雪，五年间车技竟然突飞猛进。

在那神话般的暑假结束后，群马县的山路赛车手们仍然陷于一片骚动的热潮当中。先是怪物般的ＡＥ８６连战连胜的神话，然后是来自京都的ＬＡＮＥＶＯ军队帝王队的挑战，闪电车队与夜婴车队都相继败在ＬＡＮＥＶＯ的车轮下，下一个目标将是谁呢？曾在碓冰山道与拓海比赛过，虽然输掉了“碓冰山道最快”的称号，但却得到了继续赛车的勇气的佐藤真子，正在为自己的感情而烦恼着。在好友沙雪的撮合下，一位来自妙义夜婴车队的成员对她展开了追求，然而对方却希望她放弃赛车……感情、或者是赛车，两者在真子心中孰轻孰重呢？

这部主要讲述梦想和前途。同场飙技的伙伴们在高中毕业后各自工作，有的去东京打工，有的在加油站工作。故事的主人公拓海最后选择了边工作边飞车，正职是运输公司的司机，同时加入了赤诚Red Sun车队，并为“改写各地的记录，留下传说”而奋斗。

《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。

随着天人（宇宙人）的袭击，城镇和整个江户的价值观发生了改变，宇宙人、高层建筑、摩托车什么的都出现在了世界上。此时依然存在着有着不变灵魂的最后的武士，这个男人的名字是坂田银时，通称万事屋・阿银。阿银是个马虎、鲁莽并且超爱甜食的人，每天在悠哉和若无其事中度过。在与伙伴们共度的时光中，阿银过着充满着笑与泪的温暖生活。

随着天人（宇宙人）的袭击，城镇和整个江户的价值观发生了改变，宇宙人、高层建筑、摩托车什么的都出现在了世界上。此时依然存在着有着不变灵魂的最后的武士，这个男人的名字是坂田银时，通称万事屋・阿银。阿银是个马虎、鲁莽并且超爱甜食的人，每天在悠哉和若无其事中度过。在与伙伴们共度的时光中，阿银过着充满着笑与泪的温暖生活。

故事讲述了被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。

江户时代末期， 被称为“天人”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。

时代背景设定在世界变动率为“1.048596%”的2019年。在这样一个机器人已经普遍实用化的未来，种子岛中央高校的“机器人研究部”正面临废部危机，而仅有的两名部员之一的八汐海翔就算面临着如此情况，仍旧对“机器人研究部”兴趣盎然，并且依旧热衷于机器人格斗游戏。而另一位一根筋的废材部长濑乃宫秋穗为了避免被废部，正在以“完成巨型机器人”为目标奋斗着。然而某天，海翔发现了一份名为“君岛报告”的A.R.笔记。在这份笔记里面，记录着名为君岛安科的人将会把整个世界都卷进来的大阴谋……

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。