繁华大都会纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 饰）并肩作战打击恶徒。