高一那年夏天，帆高（醍醐虎汰朗 配音）离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女阳菜（森七菜 配音）。「等等就会放晴了喔。」阳菜这样告诉着帆高，不久，头顶的乌云逐渐散去，耀眼的阳光洒落街道……原来，阳菜拥有「改变天气」的奇妙能力……

「天空图书馆与真红魔王」。夺回掌握着世界之命运的「最后的钥匙」，最为危险且禁断的魔道战争，现在开幕！

「旭丘分校」的学生有五人。虽然不论是学年还是性格都不同，但总是一年四季彼此一同享受着乡村生活。某天，在百货公司的抽奖抽中了特等奖——去冲绳的旅行券。这也让众人决定，利用暑假期间一同前往冲绳去旅行。

无数的光芒闪耀着五颜六色，浮游在空中的无重力空间——“知识之箱”。那里有着众多的世界、众多的时间、众多的人。杜娅尔和多萝茜两人在那里与敌人战斗着。敌人，那是侵食世界的存在——病毒。被病毒污染的世界，非得消除掉不可。这就是她们的任务、她们的工作。在某个时刻，杜娅尔和多萝茜感知到了新的病毒的出现。在那里，有一位被病毒袭击的少女。将少女救出来的两人，静静地等待着她醒过来。少女是什么人——来自何方，去往何处。不久后，少女醒了过来。这位少女自称为“莉莫”，不断低语着一句话——。“不回到花田的话……”。

在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。

时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。

【本片翻译由澄空学园x华盟字幕社联合提供】为了上学方便，刚入学的高中新生心爱准备搬来这条由石板路、木制房组成的街道。她在寻找寄宿的地点时迷路了，无意中来到了一家名为“rabbit house”的咖啡店门前。看到这间名字充满可爱风格的咖啡店，心爱忍不住踏进了店门。在店里，她遇见了娇小的少女智乃，以及一只软乎乎的可爱小兔子提比。心爱一边喝着咖啡一边询问路线时，才惊讶地得知这家咖啡店就是自己将要寄宿的地方。因为将要入学的高中有着“学生要在寄宿的家里帮忙做事”的规定，心爱便“自称”是智乃的姐姐，开始过起了咖啡店员

她只会冲我一个人偷偷地笑。对方可知白草是获得芥见赏的现役女高中生作家！而且还是个美少女！本人丸末晴作为一个普通的高中生与她实在是非常不相配这种事情我还是知道的！但是，还是觉得有戏，大概…啊不，是绝对！……本是这么想的……却得知可知居然有男朋友了！？对着消沉的我，外貌可爱、性格外向还喜欢照顾人……而且还不知道为什么公开说喜欢我的青梅竹马志田黑羽这样说道「去复仇吧」初恋的怨念似海深——但是绝不阴暗！绝不油腻！初恋复仇开始行动！

因突变而产生操作火焰的变种人“燃烧者”，让半个世界被大火烧成焦土，陷入前所未见的惨状。在那之后的30年，当中一群激进份子“疯狂燃烧者”再次对世界发动攻击。为了镇压他们引发的火灾，普罗米波利斯自治共和国司政官古雷，组织了针对“燃烧者”而设置的高机动救命消防队“烈焰救火队”。效命于“烈焰救火队”，并拥有灭火之魂的消防队新人加罗，碰上了被通缉中的纵火恐怖份子，“疯狂燃烧者”的首领里奥，两人发生了激烈的冲突，当两个炙热灵魂彼此冲撞，这场对决将走向什么结局？

作品主要讲述了某天，一款曾经掀起过大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」停止了运营。游戏原本会停止一切服务，但过了结束时间后，玩家们却发现不能退出，NPC也产生了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员一起意外穿越到了异世界，并且变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开了帷幕。