纽约探员尼克是个桀骜不驯的离异男子，他最近因渎职嫌疑被风纪部门调查。某日尼克与搭档文森在一家餐厅中偶然遇到日本黑帮的内部火并，二人虽将主犯佐藤捕获，但佐藤抢到的神秘块状物却不翼而飞。日本方面要求引渡佐藤，尼克和文森只得押解佐藤到达大阪，岂料在飞机场，尼克误将佐藤交给了乔装后的黑帮分子...

江湖人物九纹龙返璞归真后在旧拍档的“九龙冰室”做侍应。九纹龙回归的消息瞬间传遍，江湖泛起暗涌。令九纹龙意想不到的是一个叫他爸爸的六岁小孩张兆龙。原来当年九纹龙远赴泰国执行杀人任务，为保女友Helen安全，不辞而别，从此二人音讯中断，兆龙正是他们的儿子。

东京明和银行职员中山雄吾坠楼身亡，搜查一课刑警伊丹宪一率队赶赴现场，结果遭遇了颇令他头疼的警视厅电脑犯罪对策课的专门搜查官岩月彬。原来中山生前曾以Justice11的ID在网络上上传散布大量疑似银行内幕信息的数据，其行为早已引起岩月彬及其同僚的注意。

或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。

美国联邦调查局驻香港办事处负责人纳尔逊从手下监听到的电话里得到一份重要情报，一项印制假美元模具的交易近日即将举行。监听者是探员高雄。此时，高雄和他的拍档华克已开始调查，初步查出一个叫洪宝的属于“新安帮”的歹徒。他们继续调查时，遭“新安帮”的袭击，华克以身殉职，高雄侥幸逃脱。

香港银行巨头之女Macy与未婚夫高桥裕二相约在美国举行婚礼，但大喜之日，高桥没有出现，Macy在失望之余赴东京寻找高桥，而室内设计师毕大勇因没有得到高桥允诺的酬金，也随Macy来到东京。二人深感意外的是，在东京他们不仅没能找到高桥，反而遭到黑帮打手的袭击。而每当他们处于危急时刻，又总能得到私家侦探林贵仁的出手相救。林贵仁告诉Macy，高桥因与日本黑帮老大伊藤的情妇有染，遭到黑帮的追杀。

贝欣与文子洋是青梅竹马的情侣。贝欣因为外婆的关系无奈下嫁到英国。她要帮助丈夫打理生意，仍遭到丈夫打骂，还要照顾残疾的继女叶帆。因为交通意外使双腿残废的叶帆脾气十分暴躁，骂自己骂别人。不久，在贝欣的鼓励与关怀下，叶帆有了极大的好转。但丈夫沉迷赌博最终欠下巨债。贝欣决定与丈夫离婚，带着叶凡回香港生活。回港不久贝欣又遇上财产纠纷，正当她下嫁律师高骏作为胜出官司的赌注时，初恋情人文子洋出现了，并为叶帆治愈了疾病。叶帆爱上了这位风度翩翩的医生……

老爷百岁大寿时被小儿子大虾气死，根据族规，家财由大哥全权管理，而大虾只分得瘦田一亩及老牛一条。十分奇怪的是，这片瘦田里种出的蔬菜瓜果都特别巨大。于是，大虾和大虾嫂刨开土一看，发现地里原来埋藏着十颗宝珠。可惜此事被无恶不作的大帅得知，于是带领兵马前来抢宝珠。

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。