这部主要讲述梦想和前途。同场飙技的伙伴们在高中毕业后各自工作，有的去东京打工，有的在加油站工作。故事的主人公拓海最后选择了边工作边飞车，正职是运输公司的司机，同时加入了赤诚Red Sun车队，并为“改写各地的记录，留下传说”而奋斗。

在那神话般的暑假结束后，群马县的山路赛车手们仍然陷于一片骚动的热潮当中。先是怪物般的ＡＥ８６连战连胜的神话，然后是来自京都的ＬＡＮＥＶＯ军队帝王队的挑战，闪电车队与夜婴车队都相继败在ＬＡＮＥＶＯ的车轮下，下一个目标将是谁呢？曾在碓冰山道与拓海比赛过，虽然输掉了“碓冰山道最快”的称号，但却得到了继续赛车的勇气的佐藤真子，正在为自己的感情而烦恼着。在好友沙雪的撮合下，一位来自妙义夜婴车队的成员对她展开了追求，然而对方却希望她放弃赛车……感情、或者是赛车，两者在真子心中孰轻孰重呢？

《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。

魔法凉帽传人阿凉无意中闯进秘境森林，结识了很多森林里的小伙伴。贪婪阴险的黑商偷走了山神之心，引发了山神的愤怒，凤凰山的平静被打破，昔日温馨家园面目全非，秘境森林里的小动物们面临灭顶之灾。阿凉在黎凉奶奶的指引下，帮助小动物们逃亡避难，保护自然和家园，经历浩劫后的赤竹镇也如同雨后彩虹般灿烂。

今天开始我就是狙击手……!?日常被夺走，肢体上装备名为“LBX Unit”的战术兵器的5名少女——“装甲娘”。这些被选中成为转移者的少女们的使命，是对横跨多元世界不断侵蚀、增殖的金属生命体·米梅西斯进行扫荡及歼灭。跨越时空被强加的佣兵生活，那就是得以窥见世界「希望」与「绝望」、赌上性命的修学旅行！

梦想着将来成为了不起的画师的高中一年级学生冈仓天鼓林。实际上，却是一个没有干劲、没有才能，成天只会偷懒的废柴女高中生……在她面前突然出现了“风神雷神图屏风”中的雷神。「我来实现你的愿望——」如此说着的雷神召唤出了尾形光琳、高桥由一、狩野永德等等在日本美术史留下大名的大画家们。跨越时空，「让梦想成功的秘诀」不断传授给天鼓林。目标是素描甲子园的优胜！天鼓林能否成功改变自己，实现梦想呢？！

因过去的心理阴影而以独特的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，偶然地在负责生活指导的教师·平冢静的强迫下加入了“侍奉部”。八幡和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到帮助学生会等，度过着解决各种事件的每一天。季节流转，时至春天。八幡与结衣，接受了雪乃最后的委托。甚至，他们在准备3月的毕业典礼过程中，还被彩羽请求在她的毕业舞会上帮忙……——追求真物的八幡，与3人的关系逐渐改变。他的高中生活究竟将迎来怎样的结局！？

故事发生在北海道的函馆，欧洲文化与日本文化相融合，华丽的建筑物林立于街道。在这样的街道上，我们五个人相遇了！乘着命运的巨轮，五人的乐队一起向那个闪耀的舞台，前进！

* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。rr星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。

故事发生在维新政府建立之后的幕末时代。在一个小村庄里，生活着一位个性正直的少女神谷薰。村里有个名叫比留间五兵卫的男人，自称“拔刀斋”而到处作恶，阿薰为阻止五兵卫手持竹刀与之拼命，但却不是他的对手。五兵卫手起刀落，眼看阿薰性命难保，千钧一发之际，一位俊秀的红发剑士救下了她。 救下阿薰的剑心拿的是无法杀人的逆刃刀，却说自己就是杀人无数的“斩人拔刀斋”。阿薰对剑心产生了兴趣，她很想了解剑心的过去，想知道剑心为什么不再杀人，也希望剑心结束流浪生活，在自家的神谷道场安家，用剑去实现保护受苦受难之人的愿望……