一次意外，让不被父亲后母待见的女孩岳霖失去了存在以及容身之所，唯一作为慰藉的是已故母亲设计的玩偶——兔子先生。当玩偶化为一名神秘男子向她伸出接纳的手时，一场奇幻旅行即将开始……

十六夜等人接受了白夜叉的邀请，前往参加某个共同体所举办的游戏。他们到达的地方是一条温泉街，而游戏的目标是让枯竭的水源复活。突然，飞鸟、耀与黑兔遇到了出乎意料的事态？

对世界已经感到厌烦的少年逆迴十六夜，在某天收到了一封奇妙的邀请函。当看清邀请函中写着的内容：“望你舍弃家庭、财富、名望等一切，前往「箱庭」”的瞬间──他来到了完美无缺的异世界。出现在十六夜眼前是带著猫的沉默少女春日部耀与态度高傲的大小姐久远飞鸟，还有召唤他们三人来到异世界的罪魁祸首——黑兔。当黑兔正在为他们说明箱庭世界的规则时，十六夜却突然表示：“来打倒魔王吧！”三个超级问题儿和黑兔的明天最终将会前往何方？既充满着幻想元素又令人会心一笑的故事就此开始！

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，而且可以使用特殊怪兽“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达洛斯桥为条件，与其他龙印者一同前往卫星区，阻止暗印人的计划。

在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”结成了。打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生，加入了未来机关。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被问以庇护“绝望的残党”这一叛逆之罪。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着“背叛者”，是为了杀掉未来机关而来的。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可

本作以武藤游戏所在的DM时代数十年后的童实野市为舞台。这个时代的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，骑乘着摩托型决斗盘“D轮”进行的“骑乘决斗（Riding Duel）”十分流行。在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活的不动游星，被对手——骑乘决斗的王者杰克·阿特拉斯抢走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”。为了将它夺回，游星逃出了卫星区，前往城市上层寻找杰克。然而在战斗中，意想不到的事情发生了，一条神秘

在WRGP大赛中打败了新世界队的5D's队，原以为可以阻止圣柜摇篮的坠落，没想到历史出现变动，造成了圣柜摇篮在现实中出现并且下坠，游星等人决定前往阻止Z-ONE等人毁灭新童实野市的计划。在决斗中，乌鸦与秋成功拯救了被过去束缚的雪莉；为了守护同伴而赌上性命的龙亚作为最后一位龙印者觉醒，召唤出了生命洪流龙，也让阿波利亚找到了希望。与此同时，布鲁诺为了教导游星如何击败Z-ONE，与游星展开了骑乘决斗，并提示了他加速同调之上的可能性。在布鲁诺与阿波利亚不惜牺牲的帮助下，游星与Z-ONE展开了最后

与暗印人的战斗过了半年，连接卫星区和都市区的桥梁“代达洛斯桥”完成，彼此之间的界线终于消失了。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了“激速世界2”以取代以前的“激速世界”。然而，新的威胁已悄然来临，来自未来并持有强力怪兽·机皇帝的“伊利亚斯特尔”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他们，游星等人组成5D's队参加WRGP（世界骑乘决斗大赛）。WRGP以三人团体战进行决斗，讲究团队精神，登场的队伍各个都实力坚强。游星所率领的5D's队该如何一一打败其他队伍

本作以武藤游戏所在的DM时代数十年后的童实野市为舞台。这个时代的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，骑乘着摩托型决斗盘“D轮”进行的“骑乘决斗（Riding Duel）”十分流行。在新童实野市的下层地带“卫星（Satellite）”中与同伴们一起生活的不动游星，被对手——骑乘决斗的王者杰克·阿特拉斯抢走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”。为了将它夺回，游星逃出了卫星区，前往城市上层寻找杰克。然而在战斗中，意想不到的事情发生了，一条神秘

六年后，她带着一对天才萌宝回国，试图查清那件事的真相，却不小心撞入了他的怀抱。男人的嘴角噙着一抹邪魅的笑，“女人，我们是不是见过？”“不可能！绝对没有！”“是吗？”他冷笑一声，“那么，从现在开始，做我的女人！”顶级黑客的天才儿子，扮猪吃老虎的女王闺女，杠上邪魅总裁爹地，再加上一个擅长睁眼说瞎话的伪善妈咪，高智商高情商高手段高心计，斗智斗勇的豪门婚恋认亲好戏就此上演！