巨无霸是一支由机器野兽组成的凶猛队伍，他们由汽车人进化而来，肩负保卫家园免受邪恶威震天侵害的任务。第一季讲述了巨无霸在他们的家园赛博坦星球上由昏迷转醒，却发现自己被威震天创造的无意识武装兽和新一代变形金刚追捕。巨无霸被迫进入地下，他们的野兽和机器人身体发生了奇怪的变化。巨无霸必须解放赛博坦星球，恢复其原本的有机生命形式。在这一季中，擎天柱、黄豹和黑寡妇等角色经历了重重挑战，逐步掌握了新的身体形态，并与威震天展开激烈对抗，试图拯救他们的星球。巨无霸们逐渐了解了他们新的变形能力的优势，开始团结起来推翻威震天的

这一季延续了前作的故事。所有变形金刚的火种都来自于矩阵，当他们死亡时，火种会回归矩阵，记忆也会伴随火种一起回归，矩阵会把这些记忆分解成数据进行分析，在分析中不断进行自我学习，最终实现系统的升级换代。擎天柱摧毁了他的世界，他必须在矩阵发生之前面对后果。巨无霸在击败巨狰狞后返回赛博坦星球，却发现所有居民的火种都被囚禁。擎天柱、黄豹和黑寡妇被迫变回兽形态，并失去了大部分记忆。他们在地下发现了核心电脑，那是一种超级计算机，从中可以获得新的科技有机体形态。巨无霸必须解放被囚禁的火种，帮助同伴银箭和犀牛解开自己的命运

辽阔的西部草原住着一位父亲和他的三个儿子——父亲是退了休的骑兵上校，三个儿子个性鲜明：大儿子艾尔弗莱德（艾丹·奎因饰）忠厚老实，二儿子特里斯坦（布拉德·皮特饰）狂放不羁，最小的儿子塞缪尔（亨瑞·托马斯饰）温文尔雅。父子在大草原的生活随着塞缪尔未婚妻苏珊娜（朱莉娅·奥蒙德饰）的到来而改变。苏珊娜年轻漂亮，给艾尔弗莱德带来了内心的震动。他暗恋她，然而苏珊娜心里却不由自主的迷恋上豪放粗犷的特里斯坦。出于道德的坚守，他们一直压抑着内心的感情。

蒂拉受伊夫琳指示去王宫盗取圣剑，与亚当、克拉斯等人卷入对抗骷髅王凯尔多的冒险中。亚当在危机中变身成了希曼，与伙伴邓肯、克拉斯、克林格及蒂拉共同对抗邪恶势力。凯尔多企图利用圣剑和权杖的力量，但期间遭遇了背叛与阴谋。亚当与同伴历经重重困难，包括解救被控制的多罗斯将军、对抗怪兽、阻止凯尔多获取强大武器等，期间还揭开了亚当与圣剑的深厚渊源。骷髅王不断壮大力量，甚至控制红色军团，形势危急。希曼等人努力反击，但圣剑破碎，形势更加严峻。在寻找魔符和对抗骷髅王的过程中，亚当等人结识了飞鸟族国王斯特拉斯等盟友，他们并肩战斗