千年后再度回归的彗星造访地球的一个月前，日本深山的某个乡下小镇。女高中生三叶每天都过着忧郁的生活，而她烦恼的不光有担任镇长的父亲所举行的选举运动，还有家传神社的古老习俗。三叶身居这小镇之中，又处于过多在意周围人目光的年龄，因此对大都市的憧憬日益强烈。然而某一天，自己做了一个变成男孩子的梦。这儿有着陌生的房间、陌生的朋友。而眼前出现的则是东京的街道。三叶虽然感到困惑，但是能够来到朝思暮想的都市生活，让她觉得神清气爽。另一方面在东京生活的男高中生立花泷也做了个奇怪的梦。他在一个从未去过的深山小镇中，变成了女高

因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persoa能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。

在梦之国格兰贝尔与机器一起生活的少年西奇，与100年未有的外来者：B立方主丽贝卡以及蓝猫哈比邂逅。他们立刻志趣相投，成为了朋友。这次小小的邂逅，将大幅度改写他今后的命运。梦想着前所未见的世界，少年、少女与蓝猫开始了一场无止境的冒险！