明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。曾经叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为和平主义者，与朋友们一起在东京过着平静的生活。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——有人准备替天行道，审判之日近在眼前。此人名为雪代缘，对剑心怀恨在心，带着一众手下前来复仇。目睹无数无辜之人被牵扯进这场残酷的斗争，剑心终将面临一场审判，并由此找到对过去的救赎。

警察三枝健人年幼时曾经历过朋友被绑架杀害的案子，他当时目击朋友被神秘女人带走，虽然他把此事告诉了警方，却不被重视，案子遂成悬案。就这样过了十五年，在该案的追诉时效将到期时，三枝健人从一部已被报废处理的对讲机中听到了声音。那声音的主人，是与三枝健人一样在追查案件的刑警大山刚志，对方谈起与案件相关的线索。起初，三枝健人不相信，但是他到了对讲机中的刑警所说的地方时，竟真的发现了白骨。此后，经过与大山刚志交流，三枝健人得知对方是生活在过去的人，二人通过神秘的对讲机互相帮助共同解决悬案。

主人公是个虽然笨拙但很温暖的青年。中学时代唯一的好朋友伸二，因保护同班同学免遭交通事故而故去。在至今已经过了10年的七夕之夜，偶然遇到了一个女孩。之后两人每年同一天在同一个地方相会……

13年前，说是出门买烟的父亲莫名地就此失踪，留下母亲与兄弟二人。13年后，父亲回来了，却因为癌症已是将死之人。母亲和哥哥对父亲都没有好感，仍然恨着他13年前丢下赌债独自出走的行为。但主人公却有着父亲与自己玩耍的温馨印象。这13年里，父亲身上到底发生了什么？尽管疑惑万千，但父亲余下的岁月里，父子并没有好好交流。半年后父亲去世了。葬礼上前来悼念的人们一个接一个地谈到了往事，渐渐填上了13年来的空白。甚至一些连母亲和哥哥都不知道的事实也浮出水面……

因为战乱成为孤儿的信，在奴隶主家遇到了同样境况的漂。两人就此一起习武，约定要成为大将军，改变命运。而某天，漂被路过的贵族看中，提出要带他入宫任官。信与漂就此分别，但是信并没有泄气，他和漂依然约定要向着同一终点进发。谁料再见时，漂已经满身是血。临死前他交给信一张地图，要他去见因为政变而被追杀的秦国大王嬴政...