小说家经一计划在48天后与通过父亲介绍认识、目前被派驻海外的佳望结婚。从小在男人堆里长大的经一，除了佳望之外，从来没有和其他女人接触过。有一天，他的一位房介好友因自己的失误而导致三个本应搬进合租房的女性无法入住，只好拜托经一收留她们。于是万人迷女性诱子、优等生女孩季香、神秘女人深搬进了经一家中。与三名异性住在同一屋檐下，这让经一起初感到十分困扰，但通过互相的磨合他们渐渐熟络起来。这时，佳望的回国时间提前。经一和室友们想要隐瞒，却被拆穿。当他说明情况后，佳望居然表示也要搬进来同住......

怀有足球梦想的主人公风祭将，本来考上了足球名校—武藏森学园并进入了足球社，不过因为身高问题一直待在三军，后来由于不甘心不能成为正式球员，就毅然决然的转学到樱上水中学，但是转过去后发觉学校足球社并不强大，而后又因为误会而被社上学长们排挤，此时社上足球顶尖的水野龙也伸出了援手，并以队长做赌注，用足球赛打败了学长们；在水野龙也成为足球社队长后，与风祭将展开了复兴足球社的计划，之后又遇到了佐藤成树、不破大地、小岛有希等朋友的加入与帮助，于是就此展开了一段友情与成长的故事。

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。r但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。r在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......

发生多起音乐家被暗杀的连续杀人事件。r被杀害的被害人，都是著名钢琴家所带领的音乐学院毕业生。r而他一手创立的音乐厅落成启用，首次特地举办音乐会特别邀请柯南一行人担任与会嘉宾。音乐会的焦点在于巴哈所弹奏的管风琴以及世界著名的小提琴“史特拉第瓦里”的音色，再加上具有绝对音感天才歌手的歌声。但是，就在音乐会活动日开始之前，陆续发生多起可疑事件。然而就在活动当天，柯南一行人所在的音乐会会场突然发生大爆炸。没多久，整个会场就被浓烈的火海所包围…。

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川 柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实……

怪盗基德再度发出预告信，目标竟然是俄罗斯-罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“记忆彩蛋”。柯南与服部联合保护“记忆彩蛋”，但把作案时间推理错误，令基德得逞，但基德于逃走中途被狙击。 自此引出一连串疑问，名侦探柯南，将于大阪解开一连串事件。

柯南用新一的身份在电话不自愿地约会了小兰，陪她看5月3日的午夜场电影，以便请求小兰替他参加森谷帝二教授举办的茶会。柯南为此十分烦恼，不知如何掩饰他变小的事实。r柯南目送小兰离开后，为此烦恼的柯南接到一个电话，是来历不明的炸弹客挑战柯南！少年侦探团收到的引爆遥控飞机、被安装了炸弹的装小猫的篮子，还有环状线的的炸弹陷阱，大家奋力推理，才及时预防了可能发生的意外。可是，最后发现被安装了炸弹的其实是工藤新一和小兰的约会地点－米花町大楼！柯南该怎么办呢？.......

伴随着熟悉的旋律，画面是车水马龙的东京新宿街头，老板的声音缓缓响起，依旧是午夜十二点，属于一家食堂的时间开始了。菜谱只有猪肉汤套餐，但是想吃的都是可以点，老板都会尽量满足，这是他一贯的营业方针。特殊的风格和充满人情味的美食一直吸引着很多顾客。这次登场的客人有吃汤面不要面的女出租车司机，相爱相杀的喜剧演员师徒二人，毛线编织达人，天才物理学者，蔬菜商店的老板等等。大家都在东京生活，有着各自的艰辛与困难，老板的这家小小的食堂，更像是一个温暖的救助站，为大家提供食物，让大家可以畅所欲言。食客们在这里卸下一天的疲惫

大阪的地标日卖电视台突发爆炸事件！r那时，里面正在录制“皋月杯”百人一首和歌赛记者会，而突发事件让全场陷入恐慌！r轰然倒塌的大楼里，唯有西部名侦探服部平次和他的青梅竹马远山和叶被困其中，但在千钧一发之际，柯南将两人救出。r在这如同恐怖行动的事件中，众人既不知道犯人所图为何，犯人也没有主动发表声明，这让柯南与平次非常不解。r混乱之中，柯南一行人遇见了自称是“平次未婚妻”的女性。她的名字是大冈红叶。她说自己是【在小时候就向平次求过婚的命中注定之人】。而且，她还是赢得百人一首和歌赛的高中生组冠军，被称作“未来的

名侦探柯南电视动画和剧场版20周年纪念的最后一项，2小时电视动画特别篇，将于2016年冬播出。r重新演绎“云霄飞车杀人事件”，增加原作漫画中没有的新内容，并由原作者青山刚昌全面监修。故事将从工藤新一弄坏了毛利兰的手机开始，主体内容仍是原作第1话游乐园中的杀人事件，以及新一在此之后被琴酒强制服下APTX4869变成江户川柯南的经历。变成灰原哀之前的Sherry（宫野志保）、遇到柯南之前的少年侦探团、阿笠博士、收留柯南之前的毛利小五郎等角色都将登场，原作中没有描写的、上述角色在这一时间段的行动也将在片中展现。