故事描述小智与皮卡丘、艾莉丝、天桐一行人正搭乘火城前往洛祥的旅途中，在行经山区时发现一只从未见过的神奇宝贝，但它却受了伤一动也不动。其实它正是被称为三位圣剑士的后继者，梦幻的神奇宝贝‧凯路迪欧。就在此时，最强的龙系神奇宝贝酋雷姆突然来袭！面对能变换成焰白酋雷姆与闇黑酋雷姆两种型态，并拥有压倒性力量的酋雷姆，小智一行人千钧一发逃过酋雷姆的追击。面对酋雷姆的穷追不舍，在行进列车与飞行船间发生战斗，他们能否战胜这次的强大挑战呢？

《精灵宝可梦太阳&月亮》是日本东京电视系于2016年11月制播的精灵宝可梦动画的第六个系列，接档《精灵宝可梦XY》播出。《精灵宝可梦太阳&月亮》是以第七世代游戏《精灵宝可梦 太阳u002F月亮》为基础制作的动画。系列动画官方中文译名从本作开始定名为《精灵宝可梦》。在《精灵宝可梦太阳&月亮》中，小智将前往阿罗拉地区，与同学莉莉艾、卡奇、水莲、玛奥、马玛内体验校园生活，目标为毕业。在阿罗拉地区里，小智与皮卡丘将和新的宝可梦相遇，获得Z手环并学会「Z招式」。