时值2710年，奈良迎来了迁都2000周年纪念。为了保护文化遗产和历史遗迹，故事的主人公来到奈良开始了一段修学旅行。

在卡姆生活的15岁少年泽多（ゼッド，Zed），每一天都过着居无定所的艰辛日子，对于这里抑郁苦闷的生活备感焦躁，同时也对不时出现的梦境和自己的意义抱有疑问。他渴望前往不受束缚，能够自由生存的地方。某日，泽多被不可思议的风引领到城市的一角，在风汇聚之处打开了神秘的光圈，耀眼的光芒中出现的精灵挥舞着翅膀飞入光圈，如梦境看到的景象一般！跟着风的导向，泽度义无反顾的跳进了光圈，也许他所追寻的“答案”就在前方……

该剧主要讲述由宇宙警察机构建立的宇宙监狱沙罗格索，专门收容各种残暴的宇宙人。本来这些来自不同星球种族的邪恶罪犯们都被囚禁在模拟黑洞中，这种人工制造的黑洞内部是没有光线、没有边界的无限空间，被囚禁者从内部是绝对不可能逃脱的。但有一天沙罗格索遭到太阳系规模的宇宙风暴正面冲突，仪器故障使得囚犯们逃离了模拟黑洞的囚禁，并把沙罗格索占领，化为进攻地球的邪恶大本营

华山是东方某个小国的公主，因为东方有一句古谚“天位之女将灭其家”所以要找一个有“天位之气”的丈夫，因此家臣们都反对华山世袭，华山的父母在不得已之下，只好要求她自己去招亲……依佛拉是人工制造的第三杀神者，在约毗和史派克初次决斗的那一天，她便因搜寻且连结到新的业障而成了杀神者……

特异现象阿尔加农与超生命体进化人的出现，是生态革命的开始……　　萤汰的高中来了一个转学生，她是萤汰青梅竹马，也是曾不断出现在萤汰不可思议梦境中的美少女-火乃纪。然而火乃纪突然呼叫出一架名为觉醒人1号的机器人，并搭上它直奔发生大屠杀事件的地下游乐场。　　在什么都不知道的情况下，迷路到了这个游乐场的萤汰，在这里遇见了火乃纪。萤汰也搭上了觉醒人，突然之间出现了一群袭击他们的异形，就快打赢的时候，在他们眼前出现了一架巨大机器人，而觉醒人在这个时候竟然因为达到活动界限，而完全动不了……

千年前的降魔师役小角拥有极为高强的咒力，他役使鬼神“前鬼”打败了暗黑神“羯磨”（カルマ），之后将前鬼封印起来，直到世间再度弥漫邪气它才会苏醒。千年后的式神町，一个欲望熏心的男人解开了“寄生果”上的封印。小角的后代、高中女生役小明解除了前鬼的封印，以它的力量消灭寄生兽、解救被寄生果附身的人。

专针对警察的连续杀人案件发生了，警察内部引起巨大的回响。对于想得到案件情报的小五郎，目暮警部却意外地守口如瓶。看到如此情况的柯南，联想到事情可能和警察部有莫大的关系。然后，下一个被枪击的目标居然是佐藤刑警!刚巧在案发现埸出现的小兰受到案件的刺激而被弄至失忆!犯人为了杀人灭口，于是企图把唯一的目击证人杀害!深知情况严重的柯南，为了保护小兰，不惜孤身犯险去把犯人找出来!

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。r但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。r在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川 柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实……

怪盗基德再度发出预告信，目标竟然是俄罗斯-罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“记忆彩蛋”。柯南与服部联合保护“记忆彩蛋”，但把作案时间推理错误，令基德得逞，但基德于逃走中途被狙击。 自此引出一连串疑问，名侦探柯南，将于大阪解开一连串事件。