身为名钢琴家之子的优秀音乐大学生千秋真一。想要赴欧学习指挥，却因为飞机恐惧症而一直无法出国。某天，不可思议的少女野田惠，突然出现在他面前，住在垃圾房里的她，是个无可救药的怪人？这少女的出现会对真一有什么影响呢？

两位咖啡厅店员桂木千键与日比乃响的小故事，以及志贵与士郎选择约会路线的后日谈。

　故事设定在一场警察无法应对的世界范围内的治安危机当中，产生了一种在法律限制内解决个人或组织的委托以弥补警察不足的职业——武侦。而在专门培养“武侦”的特殊学校东京武侦高中里，侦探科二年级的男主角・远山金次，因为拥有某种神秘体质，在某种契机之下会让大脑细胞活性化。对于这一点他始终希望对其他人保密，只祈求能过平凡的校园生活。可惜事与愿违，某天在上学途中他被卷入一起炸弹攻击，更因此和强袭科的超精英——神崎‧H‧亚莉亚相遇。就这样，被迫与S级的最强武侦亚里亚组队的金次，他的平凡日常生活逐渐地离他而去。

故事发生在人类最大的危机——“大崩坏”10年后的世界，舞台是复兴后的巨大学院都市“Academia”。享受着高中生活的少女白鸟空对于一成不变的自己产生了迷惘，她渐渐感到一种莫名的空虚，而且时常会做同样的梦——梦见前来迎接自己的白马王子。在一次校园活动中，梦中的“白马王子”竟出现在她的面前——他的名字叫绫小路京四郎。更不可思议的是，京四郎竟对着空说出了和梦中同样的话：“让我们……一起走吧！”两人绝壮的爱情故事就此展开……

　　主题：光明存在于黑暗之中。 　　——“曾经有人说，那里是吞噬一切的黑暗。但是，并不是毫无光明。”（出自动画版第一集） 　　按照希腊神话的传说，潘多拉是承载着世界上的一切痛苦诸如祸害、灾难和瘟疫的魔盒，是众神因为人类的过错而制作的对人类的惩罚。而那被锁在盒子里的希望便是潘多拉的核心。 　　无论灾难多么使人痛苦绝望，在那之中一定隐藏着希望。

夏娜和悠二为了寻找红世之王法利亚格尼所留下的宝具，来到了某栋废弃的百货大楼。当两人还在堆积如山的玩具中苦寻不获时，他们还不知道悠二偶然捡到的望远镜就是所要寻找的宝具。由于宝具的力量，夏娜和悠二的意识通过宝具转移到了对方的身体中......

新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……

新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……

岁月的流逝无法抹去心中的那段岁月，哪怕你我都已长大成人，那段青春时光依然留在我们心中。因为那里有你、有我，有我们美丽的邂逅，有一起编织的无尽回忆。或许有一天你我都不再年轻，但我依然不会忘记，你带给我的点点滴滴，这些都将在我的心中永不消失，因为——回忆永恒。

《RD潜脑调查室》描述的是2061年的人类社会近未来，那时人类建造网络社会已50年，人们本期待能实现通过意识连接的理想网络社会，但是因此而使个人情报大量外流，信息被篡改，等新的社会问题的层出不穷，但人无法脱离网络而存在，于是为了应对那些问题强化安全性，meta·现实·网络（简称metal）这个新的网络空间被建构，是保存人类记忆的独立空间。而因为在安全的metal之中，人类可以完全释放自己的欲望，但人类本身却又生活在被规律束缚的现实世界中，而因为这两个世界之间奇妙的摩擦而会产生另一个扭曲的世界。