哥斯拉突然从北极的冰中出现！哥斯拉击沉核潜艇海洋号，更破坏北极的军事基地后开始南下。同样的时候，在太平洋制药宣传部，那公司为提高节目的收看率打算使用发俄岛上的魔神，樱井和古江的两名宣传人员便去了发俄岛。他们发现岛上出现的魔神就是金刚。于是把他弄晕带到日本，不久在运送金刚的船遭日本政府拦截，但那时金刚突然从麻醉中苏醒，在运输船上跑出来，游向日本，而且更在那须高原初次与哥斯拉对决。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得胜利，金刚被打败吗？

1954年，正当原子弹的恐怖仍然徘徊于大部分日本国民的心中时，日本银幕上出现了一头比原子弹更恐怖，更具破坏力的大怪兽！可喜的是，在影片的结尾，怪兽终于被天才博士发明的秘密武器消灭，人类成了胜利者。这头被原子弹爆炸实验唤醒的侏罗纪时代恐龙科怪兽，名叫“哥斯拉”，源出于当代日本流行小说家香山滋的同名作品。原作以怪兽象征来自外界的巨大破坏者，再以细腻笔触刻画日本人的反应，以至应对方法。殊不知改编成电影之后，《哥斯拉》成了日本怪兽电影的代表作，成人观众以灾难片格局对待，青少年观众视“哥斯拉”为偶像。至2004年，

二战结束后不久，日本南海惊现离奇事件，打捞船荣子丸在平静的海面上突然遇难，幸存者寥寥，前去搜救的宾果丸也一去不返。不久，南海附近的岛屿大户岛遭受到恐怖的袭击，岛上的老人声称这便是传说中的怪兽哥斯拉作怪。古生物专家山根京平教授受命前往调查，根据现场遗留的痕迹断定，这个怪物是200万年前侏罗纪时代存活下来的恐龙，并且在原子弹辐射的影响下，化身为更具破坏力的恐怖怪兽。该论断一经公布，便在日本国内引起轩然大波。政客和军队纷纷行动，意欲置哥斯拉于死地。而哥斯拉也闯入东京，进行一场毁灭性的破坏。人类的命运悬于一线……

郊外神社的神殿里，九位年轻武士在秘密开会，城代家老的外甥井坂（加山雄三饰）准备向大目付菊井求助整治内部问题。但外貌邋遢的武士椿三十郎（三船敏郎饰）出现，告诉他们菊井才是背后的黑手。果然，神殿很快被大目付手下团团围住，三十郎出手替年轻人解危，而室户半兵卫（仲代达矢饰）却欣赏三十郎的身手，欢迎他加入。之后，三十郎与九人组去找城代家老，却发现晚了一步已被绑架。他们到了武士寺田家中再谋营救，隔壁就是敌人所在的黑藤府。菊井一边监禁了城代家老，另一边又想着引出年轻武士们出洞，幸得三十郎所救。在精妙计谋下，解救成功。但