主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说

公元2000年8月，葛城考察队到达南极，发现了地下空洞中的巨大人形生命体Adam以及隆基努斯之枪。葛城计划进行人类基因与Adam融合的接触实验，但不幸因此唤醒了沉睡中的Adam，葛成调查队拼死使用隆基努斯之枪再度封印Adam，但结果失败，最终，葛成调查队人为使Adam的S^2机关暴走（因为葛成调查队全灭，所以详细不明），总算避免了完全的败局——也就是A.T力场（A.T.Field）的消失（全部生命重新开始），以及由亚当诞生的生命架构的重新构筑。因为此事，亚当成为了零碎的肉片。

经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次恢复原本的秀美景色。在此之后，战部渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。战部渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战打一次拉开序幕。

奇幻世界左开山（创界山）众神云集，山分为七层，然罪恶之神多古达统治了这个世界后，其邪恶部众把守左开山各层要地。黑暗降临，连美丽的彩虹也变成了灰色。四年级小学生战部渡（瓦塔诺）在神明的召唤下进入奇幻世界，他操纵着龙神丸与虎王、剑部施巴拉古大师以及忍部火美子（希米格）等好友为恢复左开山的光明，与多古达的暗黑军团展开一连串激烈的战斗。

几次作为救世主拯救了创界山危机的战部渡，面临着最大的危机。小渡受到召唤，再一次来到了危机四伏的创界山，在那里看到的是像海市蜃楼一样颠倒的世界，就连龙神丸也被邪恶的力量封闭，变得七零八落。失去了龙神丸的小渡，和虎王等小伙伴一起，再次踏上了拯救创界山的征途！

几次作为救世主拯救了创界山危机的战部渡，面临着最大的危机。小渡受到召唤，再一次来到了危机四伏的创界山，在那里看到的是像海市蜃楼一样颠倒的世界，就连龙神丸也被邪恶的力量封闭，变得七零八落。失去了龙神丸的小渡，和虎王等小伙伴一起，再次踏上了拯救创界山的征途！

森林遭遇危机时，小智、皮卡丘与可可一同挺身而出，为保护森林中的宝可梦而战。除了一贯的可爱的宝可梦形象外，本片还着重刻画了萨戮德与可可之间超越血缘的父子情谊。

“通灵王（SHAMAN KING）”那是掌管森罗万象的星球之王。能够与神明或灵体交流、被称作「通灵人」的人们，在500年一度的「通灵人大战」当中争夺这一宝座。这些通灵人其中之一的少年·麻仓叶以通灵王为目标的战斗，2021年4月，以完全新作动画的形式就此展开。