中国荊州，据史书上记载，这里是三国时期“兵家必争之地”。在这历史风情浓重的城镇中，男子高中生孙宸一面厌恶着这种环境，一面过着普通的日常生活。一天，他做了一个噩梦。梦醒之后，怪异的事件接连发生，还没等他弄懂情况，眼前突然出现了三国时代的名将——魏延，并试图要取他性命！危急时刻，一位美少女出现在了孙宸的面前。

住在不知天空为何物的村庄“基哈”的少年“西蒙”在开垦村庄时，偶然挖掘到一块闪耀着神秘光芒的晶体。在那之后，巨大的机器人从天井中冲入，对村庄进行大肆地破坏，西蒙与大哥卡米那以及从地面来的少女优子一起，与巨大的机器人展开了殊死的战斗。

凹凸世界的创世神是一位很肆意随性的神明。他创造的世界生而不平等，只有参加凹凸大赛才有机会改变命运。参赛者将得到系统赐予的“特殊能力”，并锻炼运用各自的能力不断闯关战斗。只要能在凹凸大赛中获得最终的胜利，那么就能得到一切，并赐予你与“七神使”一样代神统治世界的权力。然而，这些都只是虚伪的表象……

这是地狱的故事。在一如既往充斥着亡者的地狱，阎魔大王的第一辅佐官·鬼灯，对大王的辅佐自不必说，还有对亡者的呵责、对狱卒的指导、对现世的视察，过着如此忙碌的生活。这样的鬼灯与不论何时都很愉快的伙伴们，再加上鬼灯的青梅竹马以及双子妖怪，还有自由随性的雪鬼等等新面孔，喧闹而又快乐的地狱每一天再次开幕！

突然降临的魔兽将人类逼入灭亡边缘，最终“六英雄”出现并将远古的力量“魔术”传给人类，通过使用魔术和科技结合开发出来的“术式”，人类在这场后来被称为“第一次魔道大战”的战争中逆转胜利。然而战后，负责管理“术式”的“世界虚空情报统制机构”开始独裁统治，“斑鸠连邦”向“统制机构”竖起反旗并发动“第二次魔道大战”（人类内战），但结果仍以“统制机构”的胜利告终……内战结束2年后，2199年12月，史上最高悬赏金额最高的通缉犯拉格纳·THE·布拉德艾奇出现在阶层都市“迦具土”，单身向“统制机构”发起挑战……

南波刑务所——位于海上孤岛的难攻不落巨大刑务所。没有任何人能从被强悍的看守以及世界最高水准的安保所守卫的这所刑务所当中逃脱……应该是这样！？带着神秘枷锁的天才越狱囚犯·Jugo（囚犯编号15号）、喜欢女人的赌徒·Uno（囚犯编号11号）、爱打架的美食家·Rock（囚犯编号69号）、身患宿疾的阿宅·Nico（囚犯编号25号）。集中在13舍13房的，有些奇怪的4名囚犯。为了阻止他们越狱，每天急速冲刺的最强看守双六一！！个性丰富的囚犯、看守们的最高纯粹笨蛋物语，在此刑务所开幕！！

五年前，大冢村一夜之间瘟疫流行，周围的村庄为了防止疫病蔓延，一把火烧毁了整个大冢村。大冢村的三个孩子，犬冢信乃、犬川庄介以及滨路得以幸存。三人被教会收养，并在别的村庄中过着平静的生活。而在大冢村事件中获得了特殊的能力的信乃和庄介，则一直不明原因地被帝国教会总部寻找。大冢村事件发生的五年后，终于寻觅到信乃与庄介踪迹的教会总部，为了引诱两人来帝都，竟然带走了滨路……

以县内顶级实力而自豪的男子学校，私立蔷薇门高中。转学到那里的主人公，与众多的猛者们相遇了。穿越校门后，见到的是帅哥——无法的教师、足球部的队长、时隔七年再次相遇的儿时玩伴，等等……充满个性的人们与主人公所展开的友情、爱情、纠葛也是多种多样……激烈的心意相互交错的学园恋爱物语。

南波刑务所——位于海上孤岛的难攻不落巨大刑务所。没有任何人能从被强悍的看守以及世界最高水准的安保所守卫的这所刑务所当中逃脱……应该是这样！？带着神秘枷锁的天才越狱囚犯·Jugo（囚犯编号15号）喜欢女人的赌徒·Uno（囚犯编号11号）爱打架的美食家·Rock（囚犯编号69号）身患宿疾的阿宅·Nico（囚犯编号25号）集中在13舍13房的，有些奇怪的4名囚犯。为了阻止他们越狱，每天急速冲刺的最强看守双六一！！个性丰富的囚犯、看守们的最高纯粹笨蛋物语，在此刑务所开幕！！

希安已经离开后，MIDICITY一天天的和平持续着。但是，试图主宰一切毁灭的音乐的“黑暗女王”出现了，这是最大的危机。在另一方面，回到现实世界的希安和聖川詩杏正为了学校的音乐活动烦恼。