有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……

故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口且其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市的所有学生均会接受超能力开发，借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。能力者以范围和威力分为LV0至LV5。主角御坂美琴是学园都市中仅七位LV5（超能力者）的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，站在电击能力的顶峰，因而被称为“超电磁炮”。本作不但通过美琴的视角来描绘学园都市的平常而不平凡的日常生活，也叙述了学园都市秘密进行非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇《魔法禁书目录

故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分（学生作为人体科学实验对象）。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）。故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，他的能力是能够将一切异能之力无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎把神的祝福

《科学超电磁炮（とある科学の超电磁炮）》是以镰池和马所著作的轻小说《魔法禁书目录》的人气角色御坂美琴为主角所作的外传漫画，由冬川基作画，连载于月刊Comic电击大王，至2009年12月已经累计销售180万部。2009年10月改编为电视动画，共25集（24集 番外篇1集），由J.C.STAFF制作。