亚当王子勇闯地狱，战胜了光骨魔，救回被骷髅王囚禁的英雄灵魂。然而，胜利的喜悦很快被兰多国王的病逝打断。后来，在亚当国王的加冕仪式上，米罗国王的私生子、兰多国王的哥哥凯尔多意外现身，引发王位继承的波澜。蒂拉为了能让兰多国王的灵魂安息，踏上了重建天堂的艰难旅程，最终在格拉纳米尔的帮助下获得了卡的力量。而亚当在将王位让给凯尔多后，发现埃坦尼亚正面临技术病毒的侵袭。邓肯和奥克去找吉尔多，希望他能够强化力量之剑，拯救埃坦尼亚，而亚当却意外发现了凯尔多的真实身份。此时，骷髅王已恢复记忆，意识到自己就是凯尔多，他融合了

皮卡德舰长获知数据中尉在巴库星球被掳为人质后立刻率进取号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；数据被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。

进取号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡德接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡德曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡德不顾命令，仍然参与战斗，之后进取号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。

在另一时空，索伦博士正阴谋毁灭星球，攻击进取号。唯一能够帮助新舰长皮卡德来阻止索伦的，只有销声匿迹了78年的柯克船长。

星际迷航：皮卡德第三季为终结季。