主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

当红女主播朝雾朝香聘用寒羽良做贴身保镖，良欣然接受这桩生意。然而朝雾其实另有目的。随后良即被大肆报道犯下种种罪行并被曝光在电视新闻上。而这其后的主使者又和寒羽良有着密切的关系……宿命的对决，寒羽良究竟能否化解此番险境？

他在欧洲外籍军团待过，有十几件暗杀的案子被警方判定是他干的。此外还有绑架欧洲经济界的大人物、抢劫瑞士国际银行的运钞车的案子，他涉及的案子简直是多的数不清，可是就没有一件能够证实就是他干的，最重要的是教授并不是为了钱，而是为了他自己的美学才犯案的，这就是他被称为教授的原因！他为了把自己的过去全部抹煞掉，竟然连自己的妹妹都想杀害，他公然的向城市猎人挑战，在列车上放置炸弹，假如炸弹爆炸的话会危害到整个新宿的安全，于是城市猎人运用他的聪明，与教授展开了一场聪明之争……

美树与阿香好不容易有机会参加海滩城市饭店的开幕仪式，没想到海怪和阿獠不但爽约，还意外为一个女孩子引起一场火拼。原来流亡海外的哥斯迪罗共和国的前独裁者基利阿姆将军为报复美国想利用海滩城市饭店的电脑入侵美国的战略防卫系统......

一位来自洛杉矶的妙龄女子竟愿意付出一百万美金雇用他们当保镖，又传出风声表示有人要暗杀城市猎人，不知道这名女子究竟是敌是友？

盖南共和国的下届总统候选人占士·麦佳亚前往日本访问。警视厅派遣探员出任保镖贴身保护他，可是奇怪的是还要同时保护占士的女保镖新条安奈，这里面另有什么原因？！~麦佳到达日本后，他接到一个神秘人物的恐吓电话，于是他派性感女秘书萝莎通过中介委托……

来自西卡利耶拉的女钢琴师利用亲善义演机会来日本委托城市猎人猎鹰寻找亲生父亲。却意外地卷入一项可怕的情报战当中，却也因此遇上她一心想找到的父亲，没想到父亲就是地方的情报员，然而她最想知道的是父亲当年离开母亲的原因，最后阿獠及阿香给了她及父亲想要的答案.......

由北条司原作漫画《城市猎人》改编的动画

前作的恐龙帝国在巴武藏壮烈的特攻下终于土崩瓦解，但一个新的邪恶势力——百鬼帝国却出现在了地面上，它们是拥有超高科技的神秘有角人种，在布莱大帝的统帅下开始了其征服世界的野心计划；与此同时，刚刚从恐龙帝国毁灭性的打击中重建恢复的新早乙女研究所也研制出了新的盖塔机器人G；就在大家为其三号机波赛冬的驾驶员人选犯愁之际，浅间学园一个名叫车弁庆的棒球手进入了众人的视野……。