宇宙世纪0079年，就连宇宙都变成了人类的战场。势如破竹的吉翁军进行了导致世界人口半数死亡的不列颠作战（殖民星坠落）。另一方面，地球联邦军为了挽回劣势以压倒性战力来对抗。萨比家错综的阴谋、被难以改变的命运玩弄于掌心的雪拉‧玛斯、成为吉翁军驾驶员的兰巴･拉尔及哈蒙，就连在SIDE 7 平稳过日的阿姆罗和芙劳的日常生活，也逐渐蒙上了阴霾……。随后，被仇恨驱使成为吉翁军王牌的夏亚‧阿兹那布尔，他所参战的「鲁姆会战」即将展开。

巴黎三十年代后期，一对年轻的美国通灵姐妹，凯特和罗拉，来到了她们世界巡演的最后一站。在这里，她们遇上了有名的电影制片人安德烈·科本。安德烈对两姐妹的天赋深深着迷，并坚决让她们参演一部疯狂大胆的电影。这个重组的“新家庭”很快被卷入电影、试验和情感交加的龙卷风里，没来得及发现欧洲正在经历一场巨变。

某天早晨，突然觉醒了暗之力量的女高中生·吉田优子，为了解除一族所遭受的诅咒而准备开始打倒魔法少女！！但对方却是自己的救命恩人！？而且根本就没可能打赢！？废柴系庶民派魔族与高冷系肌肉魔法少女编织的日常系魔法喜剧开始！！！

被浪费的青春——偏差值差不多的田中（通称“笨蛋”）、沉迷于BL的菊池（通称：“御宅”）、面无表情的才女・鹭宫（通称“机器人”）。个性十足的女高中生们无所事事的日常校园生活——

蚩尤自神木林破封而出，三界陷入水深火热之中。天命之人为抗衡蚩尤，入画卷，上神殿，收集材料打造神兵；解心魔，化心结，渡劫提升自我。前世的因，今生的果！眼前所见之人是否是心中所想之人？今生的情，来世的缘！来世的情是否抵得过命运的缘？……命运的轮回还在转动之中，天命之人最终汇聚在女蜗神庙和蚩尤决一死战……

蚩尤元灵虽然已经被天命之人所封印，但是蚩尤以及其手下却并没有死心，而是期望唤醒上古神龙雷怒。神木林、凌波城两大门派被袭，巫奎虎、二郎真君伤重难愈。在如此恶劣的形势之下，十五天命之人也重新踏上征程，为阻止雷怒复活而战。不知道在接下来的剧情中，他们又是否会成功避免雷怒复活，拯救三界于倾覆之际呢？

邪神蚩尤感受到剑侠客等人带来的威胁，派出刺客、设下陷阱，誓要阻止他们一行人继续往战神山进发。然而经过连番战斗的剑侠客，对自身事实充满过度的自信，结果遭遇了惨烈一战。其余十多位天命之人在王母娘娘之召下，赶去与剑侠客等人汇合，然而得知的却是令人悲愤的消息……

华夏上古时代，邪神蚩尤降临神州大地，欲撕裂天之痕，引入化外，毁灭三界，人仙魔三界岌岌可危。为拯救三界，人仙魔十五位勇士，联合起来，一起对抗蚩尤...十五位勇士用尽全身真气，气数将尽，可是封印只能维持五百年，五百年之后，蚩尤又会破土重生。勇士们决定，将毕身功力留给三界有缘之人，望能助天命勇士一臂之力。五百年将至，蚩尤吸取戾气，即将破土重生...一场大战，再次即发...

极为平凡的御宅族大学生·岩谷尚文，受到在图书馆发现的一本书所引导，被召唤到了异世界。他被赋予的使命，是作为装备着剑、枪、弓、盾的四圣勇者之一“盾之勇者”，驱逐给世界带来混沌的灾害“波”。因为大冒险而心潮澎湃，和同伴一同踏上旅程的尚文。但，他刚出发没几天就遭到背叛，金钱和立场全都失去。变得无法相信他人的尚文，驱使着奴隶少女·拉芙塔莉雅，向波和世界发起对抗——。究竟他能否打破这种绝望的状况？失去一切的男人的成名奇幻故事，开幕。

在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。