动物基因组学——“帝王组织”研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出，在一群雇佣兵袭击这个机构时，魔斯拉逃了出去。她在一个瀑布包了茧，随后破茧而出，完成了全形态生长。在2014年，哥斯拉被整个世界看到后，“帝王组织”在水下建了一个基地，在这个位于水下好几英里的水中基地中，他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物，那是他们真正的研究核心。

一场华丽的化妆舞会，青春小正太Lucas却吓跑了所有朋友。因为短短几秒钟，乖巧懂事的他变成了一个长着翅膀的超级大怪物！而他自己也被吓得张皇失措。气愤父亲隐瞒家族身世之余，Lucas偷拿到一张神秘地图，决心靠自己找到父亲偶然提及过的真正家乡——怪物岛。当他历经艰险完成远航，眼前的所有景象都足以让他目瞪口呆。可没想到，这场寻根之旅，让他找回亲人的同时，也让他自己和岛中居民陷入了一场生死大考验……