故事发生在2030年的日本。一种病毒正在全世界范围内蔓延。病毒感染者会突变成怪物，而且根据年龄、性别、种族的不同，会变化出不同形态。因为变化形态的多种多样，这种病毒被称为「Gibia」（像野生鸟兽富有多样性）。然而，在日本这片废土之上，一对武士与忍者突然出现了。他们二人从江户时代的早期穿越而来，在研究病毒治疗方法的博士的帮助下，共同展开行动。面对着接踵袭来的Gibia，抢夺路人食粮的亡命之徒，以及各种敌人的围攻之下，杀机重重、生死攸关的冒险之旅开始了。

因过去的心理阴影而以独特的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，偶然地在负责生活指导的教师·平冢静的强迫下加入了“侍奉部”。八幡和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到帮助学生会等，度过着解决各种事件的每一天。季节流转，时至春天。八幡与结衣，接受了雪乃最后的委托。甚至，他们在准备3月的毕业典礼过程中，还被彩羽请求在她的毕业舞会上帮忙……——追求真物的八幡，与3人的关系逐渐改变。他的高中生活究竟将迎来怎样的结局！？

拥有着可以制裁伤害人类的恶灵并将其送往彼世的能力的天才魔法律执行人六冰透及其助手草野次郎，一直以来都有为恶灵所困扰的人们来向他们求助。和圆宙继战斗过后数日，六冰和次郎从魔监狱返回，终于回到了自己的日常生活之中。然而在这样的六冰等人的面前，执行人五岭陀罗尼丸的出现，将他们卷入了新的战斗之中——。

故事发生在北海道的函馆，欧洲文化与日本文化相融合，华丽的建筑物林立于街道。在这样的街道上，我们五个人相遇了！乘着命运的巨轮，五人的乐队一起向那个闪耀的舞台，前进！

穿越到修仙世界却发现自己不符合男主角设定的东方纤云，误把重生一次前来复仇的二师弟印飞星当做“主角”。本打算抱紧主角大腿活下去，却被“大腿”一脚踹下悬崖，由此踏上魔修反派道路。天真单纯的大乘期魔修易相逢，玄铭宗大弟子花花公子东方芜穹、同为穿越者的天道使者卜算天等角色悉数登场。【伏魔大会】风云汇聚，正道魔修之战一触即发，前逍遥门大弟子、现百媚教魔修大师兄，东方纤云被卷入生死攸关的危机之中……

学习方面还行，也有朋友。虽然的确是有一点被上天所眷顾着，但还是个普通男子高中生的加贺谷修一，有着可以变身为怪物的这一秘密。并不是那种被世间所惧怕的怪物……而是布偶怪物。他曾经所爱的平稳日常，某一天突然被夺走了…

东京郊外的街道——天鹅绒町，这里有着被剧团成员们称之为天鹅绒之路的圣地。身为原舞台演员、因一纸来信而站在此地的你，将会遇到的是……负债累累！没有客人！团员只有一位！失去过去辉煌即将倒闭的落魄剧团！因机缘巧合，你成为了剧团的团长兼【总监督】，身负把剧团重整起来的重任？

富㭴勇太于初中毕业的时候，决定同时为自己举办中二病毕业的仪式。打算顺利度过高中生活的他，在开学日以最后的中二语录完全封锁这段黑历史。可惜天意弄人，勇太遇上了现任中二病患者暨同班同学小鸟游六花，更被对方看出中二病的残余症状。六花于是以此威逼勇太与她“立下契约”。对方的行为举止惹来了不少同学、家人、甚至青梅竹马的注目，使勇太在享受“现充”的生活同时，又充满著难言之隐……

由于各种原因导致失去住所的六花开始寻找新家，但过程并不顺利，最终来到了勇太的家里。然而，勇太的家人却留下勇太一个人到雅加达去了。现在开始的同栖生活！？这样想着心跳不已的两个人。但此时樟叶为了迎考而回到了家中。不知应该感到安心还是遗憾，3人开始了奇妙的共同生活。另一方面，原小鸟游家搬进了新的住户。那是以前勇太曾经憧憬的，自称为魔法魔王少女、索非亚琳·SP·撒旦7世的七宫智音……如此这般，仍然完全称不上普通的、勇太的高二第一学期开始了。

* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。rr星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。