猫咪老师兴高采烈地出门参加奇怪的宴会。在意宴会情况紧随其后的的夏目在抵达的废宅中发现了浑身是伤的妖怪「游蔓」。夏目刚一叫他、只听游蔓说道「接下来换我当鬼了」、宅中顿时响起妖怪们的喧闹声。一问才知、在这所宅邸「回游亭」中、连日来进行着赌上山谷霸权的游戏。

1555年，时为战国时代。有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！”目标只有一个，那就是天下布武！

故事发生在超高度文明的近未来。当时的电脑运算能力已经可以模拟出人类的五感，更可以直接以之进入网络世界。大厦、食物、感觉等也是由电脑程序写成。主角相马透是黑客集团“草原之狼”的成员之一，使用战斗用工具“シュミクラム”，以黑客的身份生活。在“草原之狼”解散前的最后一次黑客活动中，误闯入军方和恐怖组织之间的战斗，透的好友野野村优哉更因而死亡，透就此发誓报仇……

在片桐高中上学的堀京子有着华丽的外表，同时成绩优秀、家务万能。某天，受伤的弟弟创太被陌生的“ピアス男”——同班的阴郁男生，宫村伊澄——送到家。惊讶于在学校与家中的不同，被看到在家中的另一面的京子动摇了。而以关怀害羞认生的创太为契机，宫村开始频繁的访问堀家。

随漫画限定版单行本第15卷、第16卷同捆发售的OAD，内容为特别篇“夜斗神连续杀人事件”。

薄樱鬼即指土方岁三。此名为游戏土方线结尾土方与风间决战前风间所起。薄樱意为如樱花般绚烂而又转瞬即逝；鬼则指土方身为人类，却始终坚持贯彻自身信念，高洁之心令人钦佩，拥有能与鬼族平起平坐的强大实力与内心（风间是鬼族，一直对自己的鬼族身份感到骄傲，视罗刹为不伦不类的“伪物”）。其实新选组众成员又有哪个不是如此呢？

【本片翻译由WOLF字幕组友情提供】神明的世界，居然也像人类世界一样竞争激烈！没有神社供奉（公司）、缺少香火（资本）的落魄神明夜斗，因为性格缺陷，导致手下的神器（员工）纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大梦想的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五块钱的香油钱（五斗米）折腰，接受上至斩妖除魔、下至修东修西的各类委托…… 超贴近现实社会的新神明物语！

在日本群岛附近的一座小岛“碧岛”，是主角苍叶所生活的地方，一日，东江财团收购了大片的土地，进而兴建一座名叫“白色牢笼”的游乐区，而原本生活的岛民，一些接受资助搬离碧岛，而剩余不接受的人被迫聚集到边边，进而形成的旧民区。 苍叶工作在“平凡”，真的很平凡的生活中，一位位人物，以及自己的身世，头痛，接踵而来，到底有什么故事等著苍叶去解决呢?

故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。

随漫画单行本第10卷，第11卷发行的同捆OAD，共2话。内容分别是“神灵附身、神灵作祟”与“春日里的约定”。