某个大陆的、某个时代。大陆南北分割的战争结束了，世界走向了和平。在战争中作为军人的薇尔莉特•伊芙加登，怀抱着对她来说无比重要之人留下的“话语”，离开军队来到了大港口城市。踊跃的人群在排列着煤气灯的街道马路上来来往往地穿梭着。薇尔莉特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。她直面委托人、触碰着他们内心深处的坦率感情。与此同时，薇尔莉特在记录书信时，渐渐明白那“话语”的含义。

居酒屋“阿信”是由大将矢泽信之与女服务生千家忍努力经营的小店。但不知为何，居酒屋正门却连接着异世界的城镇，古都阿伊特力亚。光顾“阿信”的都是一些个性独特的客人，比如懒惰的卫兵、低调的圣职人员，还有水运公会的老大。他们都对阿信大将酿出的美酒和自己从未吃过的料理感到惊喜不已。在享受美食的同时，他们也能暂时忘记日常生活的烦恼。

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克，及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

“我是霍奈拉王国霍奈拉王家的第一王子卡尔斯先生！为了HAPPY地统治各位而来☆”就这样，5人被卷入了魔法之国的继承人之争……

那还是人与非人的世界未曾分开的时代。从亨德里克森与德雷弗斯两大圣骑士长的支配下夺回王国的“七大罪”以及伊丽莎白、霍克。王国诞生祭也平安结束，和平终于造访了里欧涅丝王国。但，下一个威胁的预兆，确实地在产生着——。

五代后唐时期，小国天淄皇后薨逝，国君顺乾帝另立新后引发皇室权力暗涌，大皇子凤璘失去被立太子的机会远赴北疆，新后孙氏所生的二皇子凤珣成为太子。凤璘故作风流，韬光养晦立志夺取皇位。大将军杜志安为了实现自己的野心，在凤璘和孙皇后之间摇摆取利。

天马行动，太阳神车从天而过，万象辉煌灿烂。一年一度的蟠桃就要开始了，众仙忙碌着。王母最小的女儿下凡私配凡人董永，六位姐姐为了隐瞒王母，让顺风耳代替七妹来完成宴会上的表演。凡间，七妹与董永夫妻恩爱无比，并为当地的孤儿建立了一个属于他们的家。一心想做上仙的扫把星发现顺风耳代替之事，设法顶替了顺风耳与六位仙女顺利完成献舞。

变种人天启诞生于人类文明的最开端，被人类当做神一般敬仰膜拜，然而，这样的他，却遭到了他最蔑视的人类的背叛，被埋葬于废墟石砾之下，一晃眼就是数千年过去。一场意外使得沉睡千年的天启从混沌中醒来，重返人间的他却发现曾经高贵的变种人，如今境遇十分糟糕。为了创造一个属于变种人的新世界，他找到了暴风女、灵蝶，天使，还有想要过平凡生活却依旧遭到人类驱逐的万磁王组成了天启四骑士。在察觉到天启的动向后，X教授带领着魔形女、野兽和凤凰等人，发誓要粉碎天启的阴谋。

疯狂的科学家弗兰肯斯坦用不同的尸体部分创造了科学怪人亚当，可却失去了对方的信任。亚当在埋葬了弗兰肯斯坦后，遭到可怕的恶魔们的袭击。关键时刻，他被一群神秘战士救下，对方是鲜为人知的夜行神龙族，长 久以来一直和可怕的炼狱恶魔作战。在女王莲诺尔的请求下，曾经憎恨人类的亚当加入了剿灭恶魔的战团。此后两百多年，他在世界各地流浪，只为先下手为强，除掉恶魔的头目纳贝流士王子。使和恶魔的全面战争拉开序幕，亚当起着举足轻重的作用。

《魔笛MAGI 辛巴达的冒险》作为《魔笛MAGI》的前章，主要讲述的是围绕30年前少年时期的七海霸主辛巴达展开的全新魔导冒险谭，而各位也能从本作中看到《魔笛MAGI》中一些角色年轻时候的样子。