Zwei的舞台是TV动画完结时一年之后。　　爱莉卡虽然已经成为了Meister，但显然还不“合格”，必须继续接受玛利亚女士的指导。而另一方面，透过不断的学习，真白也更像一个女王了。　　某天，新建成的天文台侦测到将有陨石从天而降，万一坠落的话，风花王国及邻近的国家将会无一幸免，Meister们要携手对抗这陨石！然而，这只是新的物语开启的序章，行星エアル有史以来最大危机于焉开幕！

借由梵天神甲冑之力击败湿婆后，八部众接获新的指令去追查地上界异常光流的来源。此时、一个具有调和神力量的神秘人物出现在秋亚人面前，在对抗的过程中八部众亦相继遭到杀害；而原本已和修拉特合体的凯竟也意外现身，这一切的背后似乎隐藏着巨大阴谋。

正如前系列，勇者仁杰和魔法使歌莉的最终目的是要把魔王纪力打倒。究竟在这新系列中他们要做什么呢？是歌莉要把藏于各地的魔神呼唤出来，以确认他们的魔力并收为己用。而仁杰，需要寻找自然界四王──风、水、地、火的王，并得到他们的承认，从而集齐四柄剑──风之剑、水之剑、地之剑和火之剑。接着四把剑会变成一把传说之剑，只有勇者才可拥有它！而这次的第一个舞台是一个叫「猫舌谷」的地方，那里矗立着的一座『没尽头的塔』。究竟内里有什么等待着他们两人呢？

经历过外星人大举入侵地球后，人类知道，这些入侵者有一天一定会再回来。人类运用先前外星人所遗留下来的科技文明，发展出一套强大的地球防御系统以抵御外星人的再度入侵。然而，20年后，这些外星人却带着人类前所未见、更先进强大的武力再次入侵地球，带来更大的全球灾难，几位勇敢的年轻人，他们挺身而出，将再一次为人类生存而战斗……

凪宗一郎和卜比牧原的到来让本来平静的统道学园鸡犬不宁。虽然统道学园是一所武校，但学校提倡平和理智的武道，反对无因的暴力，而宗一郎和牧原两人此次的目的却是征服这座学校。结果可想而知，宗一郎被前来的柔剑部部长枣真夜及高柳雅孝一脚踢飞，倒霉的他掉入了刚洗完澡的枣亚夜身上，没想到枣亚夜对他一见钟情。于是，有着女性恐惧症的宗一郎在统道学园的快乐生活开始了。

初生之犊不畏虎，一年级的宗一郎和卜比向全校发出挑战宣言：‘从今开始，这一间学校就由我们的“爆拳”来支配！’究竟二人将会受到甚么制裁？‘柔剑部’的美女枣真夜又如何将二人招揽？加入‘柔剑部’后，二人展现出的潜质，令众前辈都十分惊讶，凭着他们，‘柔剑部’可面对宿敌‘执行部’所发动的总攻击吗？

　　在某个村落的旅馆餐厅里，莉娜正准备大口吃她的午餐。突然一阵爆炸声袭击了这个餐厅，并搞砸了她享受这午餐的一点点幸福。突然，旅馆餐厅的屋顶传来可怕的狂笑声，一身坏魔导士装扮的娜卡，从火焰中出现。娜卡精神抖擞的出场，却招来全村的愤怒。被村人包围的娜卡和认识她的莉娜，陷入了必须找出失踪的村民来代替所有赔偿的窘境。可是两人所前往的遗迹里，却有个最恐怖的吸血鬼在等着他们！

故事中的世界是以中世纪欧洲为基本架构，除了人类以外还有龙、精灵以及哥布林的存在，是典型的托尔金系统中的奇幻世界。神与魔不断地纷争，神为了保卫世界而战；魔为了争取长杖毁灭世界而战。赤眼魔王和赤龙神为了各自的目的而战。赤龙神将赤眼魔王击败，并将它分为七部份。为了防范魔族的行动，他化为四个分身固守着四方。

时间点为TV版两年后的暑假。海人成为了高中三年生，其他人亦踏出了自己的道路。有天，去了海人家中游玩的哲郎发现了一卷磁带，而当中记录的正是两年前的暑假、拍摄电影前所拍摄的试拍。

21世纪人类开始开发宇宙。但是宇宙生物群(通称宇宙怪兽, STMC)，一种以恒星作载体繁殖的生物来袭，使人类文明受到重大威胁。　　为了对抗宇宙怪兽，机械人兵器和宇宙战舰持续开发中，由地球上的机械人训练学校找出优胜的驾驶员控制。　　2015年，在人类史上第一次和宇宙怪兽接触后，故事的女主角高屋法子进入了机械人训练学校接受训练，驾驶人类对抗宇宙怪兽最强武器Gunbuster，开始了她守护地球使命的故事。