学年垫底的女高中生工藤沙耶加（有村架纯 饰）在家并不受父亲待见，母亲经常被校方找去说教，她也为女儿的未来而焦虑，经过水平测试，沙耶加实际只有小学四年级的水平，但坪田不以为意，他用自己独特的方式调整女孩的心防，两人很快成为好朋友。在坪田的帮助下，沙耶加在学习上突飞猛进，更是对学习充满的无限兴趣。

东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子，脑外科值班医生南方仁（大泽隆夫 饰）为其顺利完成手术，手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷，再次醒来后发现自己已身处一片树林之中，有盘头武士在厮杀。以为在拍时代剧的仁险遭殃及，所幸被青年武士橘恭太郎（小出惠介 饰）所救。仁随负伤的恭太郎回到橘家，在极其简陋的条件下为其进行了手术。目睹手术全过程的恭太郎之妹橘咲（绫濑遥 饰）深受触动，对仁产生了浓厚的兴趣。次日早晨，仁从咲口中得知震惊的事实：自己竟穿越到了幕末的江户时代！　　自此，偌大的历史

稍微有点工作狂的20几岁的职员·圣，在加班回家的一个夜里突然被光芒包围，被召唤到了异世界成了“圣女”。而且同时被召唤的还是两个人。王子却只搭理另一位女高中生，对圣完全无视。“既然如此那我也就随心所欲了哦？”于是圣跑出王宫，活用对植物的热爱，在药用植物研究所中作为普通人工作了起来。在所长约翰、导师裘德的帮助下，学习药水的制作以及魔力的使用。然而制作的东西都会有五成左右的能力增幅，意外发挥出了作为“圣女”的能力。与此同时，圣的药水拯救了濒死的骑士团长·阿尔伯特，渐渐地，圣可能才是真正的“圣女”的传言渐渐传开了

岸边野裕里（松隆子）在姐姐远野未笑的葬礼上，遇到了姐姐的女儿远野鮎美（广濑铃）。无法接受母亲亡故的鮎美，也无法打开母亲留下的最后一封信。裕里参加了要和大家报告姐姐往生的同学会，巧的是，她的初恋对象镜史郎（福山雅治）也来了，两人在一封封书信的联系中串接起三人当年的故事。

奥特兄弟：奥特曼、赛文、杰克、艾斯，为了阻止亚波人怨气的集合体最终超兽萨乌鲁斯攻击地球、也为了避免在宇宙空间展开激烈的战争，奥特兄弟与强大的合体兽进行了一番苦战。但隐约感觉到神户将会沉没的奥特兄弟，使用了"最终十字屏障"，封印了这股邪恶力量。可是，使用"最终十字屏障"需要使用大量的光能，这就意味着奥特曼失去了变身的能力。于是，时光流逝到了现在。在地球上，诞生了一位继承了奥特兄弟意志的新英雄，他的名字就是梦比优斯奥特曼。

20年前，奥特兄弟为了阻止由异次元人亚布鲁怨念衍生出来的终极超兽奥特杀手萨乌鲁斯，奥特兄弟用尽了所有力量和萨乌鲁斯进行了一番苦战。最后，奥特杀手萨乌鲁斯被打败，沉入了神户港的深海。亚布鲁的怨念得以被封印，但是，奥特兄弟们也丧失了变身的能力。梦比优斯奥特曼来到地球半年后，隐约感觉到了神户的异样并独自一人去前去调查。梦比优斯奥特曼得知传说中的奥特兄弟作为人类，在神户生活着。此时，由多位外星人组成的宇宙联盟为了解开当年封印，也来到了地球。为了使沉睡在神户深海的奥特杀手萨乌鲁斯复活，宇宙联盟决定先铲除可能成为最大

某日，正在做实验的SSP成员，突然收到了不知道是谁寄来的神秘道具。没想到那居然是艾克斯奥特曼的变身器艾克斯闪光。可为什么艾克斯闪光会出现在这里呢？艾克斯奥特曼的变身者大空大地，被人绑架了。某座岛屿似乎发生了异变，欧布奥特曼独自迎敌，落入下风。幸亏最后赛罗奥特曼及时赶到，欧布奥特曼才得以脱出困境。地球出现了新的危机！宇宙魔女贼姆鲁娜乌得到了拥有邪恶力量的黑暗之环，她拥有将任何东西转化为宝石的能力。她喜欢将转化后的宝石作为珍藏品收藏起来。之前她已经收集了银河奥特曼和维克特利奥特曼的宝石。如今姆鲁娜乌盯上了地球

梦比优斯在巡逻时接收到光之国的讯息，得知希卡利在怪兽墓场陷入危机，遂马上赶往救援，并与已经抵达艾斯、泰罗碰头。梦比优斯赶到怪兽墓场时，发现艾斯和泰罗已经落入四天王的圈套并被擒做人质，而希卡利竟然和四天王合作，逼迫梦比优斯进入炎之谷取出终极战斗仪。梦比优斯无法相信这一切，却也无可奈何，只好进入炎之谷，并与新认识的伙伴机械扎姆联手战胜了守卫炎之谷的芝顿，最终取得了终极战斗仪。实际上，希卡利是假意和四天王合作，在梦比优斯拿出终极战斗仪的一刻，就利用终极战斗仪的力量救出了被抓的艾斯和泰罗。奥特兄弟借此得以发起反击

绰号“小孤独”的后藤独，是一个喜爱吉他的孤独少女。经常在家里独自弹奏吉他，但因为一些事情，加入了伊地知虹夏领衔的“纽带乐队”。不敢在他人面前演奏的后藤，能否成为一个出色的乐队成员呢……

本作设定在第一部剧情结束八到十年之后的世界中展开，讲述少年游城十代报名参加决斗学院考试，并在学院学习生活中发生的一连串故事。