阿米魔星少年夸克因为意外迫降到地球上被豆豆捡到，两人成为形影不离的伙伴。夸克对地球的方方面面产生了浓厚的兴趣，而豆豆也对夸克神奇的能力惊叹不已。借着夸克的帮助，原本调皮而又不爱学习的豆豆经历许多小冒险并学到各种知识，开始对科学和自然产生兴趣而夸克也在寻求回家办法的过程中，逐渐喜欢上地球，喜欢上和豆豆在一起的时光。

在这一季中，博士和克莱拉利用时光机在各个不同空间的探险，他们继续闯荡时空，解决各种问题！博士的宿敌戴沃斯则用计谋将博士、克莱拉和密西带到了斯卡洛星上。博士和戴沃斯正面较量，最终博士识别了戴沃斯的诡计，并击败了他。之后他们来到一个水下基地，在这里，他们又碰到了几个鬼魂以及基地的几名船员，聪明的博士最终击败这些鬼魂，拯救了船员。为了击败泥沼怪，阿希尔达失去了生命。博士内心深处的善良的本性促使他使用永生的力量救活了阿希尔达，但阿希尔达对博士的感情却从最初的崇敬，逐渐变成了憎恨。之后博士和克莱拉一起经历了赛冈星人

地球上，一辆火车突然遭到外星生物入侵，整个列车都陷入瘫痪。关键时刻，一位神秘女子从天而降，及时阻止了正在跟踪人类猎物的外星猎人！而这位神秘的女人其实就是经过重生忘记了身份的第十三任神秘博士，也是《神秘博士》有史以来第一位女博士！随着英国谢菲尔德的人类受到威胁，博士招募了三个新朋友——性格温和的瑞安、做事一丝不苟的小雅以及瑞安的继祖父格雷厄姆。他们一起对抗邪恶的外星人、把被卷入太空的人类平安带回地球、阻止时空秩序被扰乱和破坏、在树林中追赶狡猾的邪恶生物……在共同经历了这一段充满活力、激情和刺激的冒险旅程后，

在艾米和罗里被哭泣天使送回到过去、维多利亚时代的克拉拉坠楼身亡后，深受打击的第十一任博士决定销声匿迹。但没过多久，“死过两次的女人”的诱惑让博士重新振作起来。博士与即将离开的艾米和罗里驾驶着塔迪斯完成了最后一次动人心魄的冒险，他们面对各种各样的戴立克、恐龙、狂野西部枪战、外星立方体，还遇到了神奇女孩克莱拉，在古老的庄园博士解救了“幽灵”时间旅行者...最后他们还要面对在纽约的数量众多的哭泣天使，在这一场无比艰难的战斗中，博士虽然再一次成功拯救了地球和地球上的人类，但与此同时，他也要面对令他心碎的时间定点事

在这一季中，博士和克莱拉利用时光机在各个不同空间的探险，他们继续闯荡时空，解决各种问题！从最初，博士的宿敌戴沃斯则用计谋将博士，克莱拉和密西带到了斯卡洛星上。博士和戴沃斯正面较量，最终，博士识别了戴沃斯的诡计，并击败了他之后他们来到一个水下基地，在这里，他们又碰到了几个鬼魂以及基地的几名船员，聪明的博士最终击败这些鬼魂，拯救了这些船员。为了击败泥沼怪，阿希尔达失去了生命。博士的善良使他用永生的力量救了阿希尔达，但阿希尔达对博士却也有最初的崇敬，到憎恨，再到反对。之后博士和克莱拉经历了赛冈星人入侵以及最终的

坐落于上海陆家嘴的时空旅行社即将正式开业了。作为唯一一家有资质进行穿越时空旅行的机构，为了充分保证游客的安全，社长时太太准备了一次内部的试运行。他们选择了盛唐时期的长安作为目的地。没想到第一次旅行就出了岔子，他们因为一匹发了疯的骆驼，把长安的集市闹得天翻地覆，更糟糕的是，还打翻了进贡的荔枝马队。打翻贡品可不是开玩笑的。在仓皇逃跑中，诸葛天晓被遗落在了盛唐。诸葛天晓被怒气冲冲的唐朝居民抓住，正好碰上外出巡游的唐玄宗李隆基。诸葛天晓凭借自己的聪明智慧，假称自己是算命先生，博取了唐玄宗的欣赏，带入了皇宫。

以阎罗王为首的魔界势力突袭创界山，使创界山受到严重损坏，山体的一部分被炸毁。同时在现生界，已经升上五年级的战部渡也隐约感觉到了异常，但当他赶往龙神池时，却没有像往常一样看见有龙神前来接他，只遇到了一位神秘的钓鱼老人，钓鱼老人和渡说了关于“另一个世界的操龙之族”的传说。当天晚上，骑着一匹白色飞马的虎王在月光中突然出现，告诉了渡情况并将渡带往创界山，可是当渡醒来时虎王已经不知所踪。此时他才看到创界山的惨状，并遭受魔界怪兽的袭击，但魔界的邪气使所有的魔神都失去了作用，渡和朋友们在没有魔神的情况下一番苦战终于暂时

因救世主战部渡大活跃而重获和平的创界山，突然出现了一个铁皮魔兵。火美子挺身而出，将那破旧的铁皮魔兵击倒在地。那个铁皮魔兵其实是魔神山的魔神锻造师东卡拉林的孙女忒娜丽假扮的，她是从魔界之王多坏达的部下金卡库和银卡库的魔掌中逃出来的。金卡库和银卡库的目的是把东卡拉林制造的最强魔神“皇帝龙”抢夺到手。此时处于人界的小渡听到了龙神丸的呼唤，为了再次解救创界山的危机而跟龙神丸前往魔神山……

战部渡多次担当救世主，拯救创界山于危难之中。然而，这份力量将迎来它最大的危机。回应呼唤，来到天变地异的创界山的小渡，在那儿看到的是像海市蜃楼一样摇曳着的倒立的创界山。龙神丸的力量终于遭到封印，被浓厚的邪恶气息所笼罩而分崩离析。这是失去龙神丸的小渡被赋予考验的时刻。和武一郎、火美子、还有虎王——过去的伙伴们一起，救世主小渡的旅程再次拉开帷幕。

旧日的旅程画上了终点，新的旅程即将拉开序幕。近日里，创界山很不太平，多纳卡米家族蠢蠢欲动，开始收集起了创界山人民的善心，一场精心策划的阴谋正在酝酿之中。战部渡亦不能幸免，丢掉了善心，因而变成了调皮捣蛋的熊孩子，火美子和武一郎得知此事找到了战部渡，将他从龙神町带回创界山……