《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始，以红世之徒·“戏睡乡”梅亚入侵御崎市作为开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。夏天结束后，新学期开始了许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着…池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜…但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违和感在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…

新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇红世之王手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……

就读于诚应高中的渡瀬青叶，是一位性格沉著冷静、运动神经优秀，并且相当关心朋友的少年。而表面上看起来是归国子女的弓原雏，其实是未来世界的人，为了守护渡瀬青叶而来到这个学校。在暑假结束後的第一天，一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶，也乘上了自己的机体，与敌人展开战斗。但两人却因为又一次意外跳跃到了未来的世界。在转移过程中，弓原雏只留下了“迪奥正在等你”的讯息，随即就消失了……面对这种事态，青叶该怎么做呢？

在近现实世界的日本，有一位看似平凡的少女黑衣麻陶，开始了她新一年的中学生活。这时，一位名为小鸟游优美的同班同学吸引了她的注意。对方起初不欲作深层交往，后来却因为彩虹小鸟的话题，而被麻陶见到了小鸟游受委屈的一面……充满怪异的世界中，一群人生活于眼泪般蔚蓝的天空之下，每天都如同战士般进行着明争暗斗，仿佛正为他人承受遇到的苦恼与混乱不堪的思绪……

为了守护地球，我要成为双马尾！钟爱双马尾的普通高中生观束总二，某日被来自异世界的谜之美少女“朵艾儿”授予力量，变身成幼女形态的双马尾英雄·红马尾战士！同时，以人类精神能量“属性力”为粮食的异世界怪物们也开始出现。作为这些怪物的目标，世上的双马尾们正面临大危机！身穿必须依靠强大双马尾属性来驱动的“空想装甲”的总二，为了维护地球和双马尾的和平，就这样联同青梅竹马津边爱香所变身的“蓝马尾战士”和学生会长神堂慧理那所变身的“黄马尾战士”，与来自异世界的敌人们展开一场空前绝后的大战！

本作讲述的是距《圣斗士星矢》本篇所处年代的243年之前，上一代圣战的故事。出场人物有本篇登场的黄金圣斗士童虎和史昂、这个时代的天马座圣斗士·天马、天马的挚友·被哈迪斯选中为转生体的亚伦、雅典娜的转生·萨莎（ND里未登场） 等，故事以他们为中心而展开。

天上欧蒂娜是位穿着男生制服、个性爽朗的少女。她年幼时曾为一位王子所救，因而心怀憧憬，期望自己也能成为拯救他人的王子。入读凤学园之后，欧蒂娜因为特立独行的作风而受到校方关注，同时也成为了众人目光的焦点。这样的欧蒂娜遇到了被称为“蔷薇新娘”的柔弱少女姬宫安希。同情安希的遭遇而决定保护她的欧蒂娜，被卷入了学生会成员们争夺“对世界发起革命的力量”的决斗之中，向“世界的尽头”发起挑战。

为何曾经是街之守护使“鸦”的他会向人类复仇呢？忘记了夜晚的街，新宿。忘记邻接的妖怪的存在，流浪生活的人们。自古以来，互相纠绕的两个世界的秩序根据“百合音”和“鸦”被守护。不过，这里平衡正在很大程度地发生混乱。为了阻止杀人案继续发生，新的“鸦”诞生了，青年乙羽被选作新的守护者，新仇旧恨在新宿街头开始蔓延…

对世界已经感到厌烦的少年逆迴十六夜，在某天收到了一封奇妙的邀请函。当看清邀请函中写着的内容：“望你舍弃家庭、财富、名望等一切，前往「箱庭」”的瞬间──他来到了完美无缺的异世界。出现在十六夜眼前是带著猫的沉默少女春日部耀与态度高傲的大小姐久远飞鸟，还有召唤他们三人来到异世界的罪魁祸首——黑兔。当黑兔正在为他们说明箱庭世界的规则时，十六夜却突然表示：“来打倒魔王吧！”三个超级问题儿和黑兔的明天最终将会前往何方？既充满着幻想元素又令人会心一笑的故事就此开始！

在遥远的未来，海贼船是一种被认可的私掠船。在这样的时代中，女高中生茉莉香一边在参与宇宙巡航部的活动，一边在咖啡厅打工。某天，一对男女突然出现在她的面前，自称是茉莉香已逝的父亲的部下，邀请她担任宇宙海贼船“弁天号”的船长。根据在一个世纪前的独立战争中发行的“私掠船只执照”，失去了船长的海贼船，其继承权将由船长的直系子孙获得。踏入无法预料的新生活的茉莉香，在前方等待她的究竟是……