故事的舞台在未来的日本，人型机器人刚刚实用化的时代。受机器人伦理委员会的影响，将机器人当作“家电”对待成为了人们的常识，对那些除了头上的圆环外与人类别无二致的机器人抱持关心态度的人被称为“钻子系”，甚至发展成了社会问题。高中生陆夫从小受到的教育让他从不把机器人当作人类、而是作为方便的道具来使用。在某个时候，陆夫发现自己家里的机器人莎美的行动记录中出现了奇怪的词语。当他和好朋友正树一起跟踪莎美时，发现了一间以“人类和机器人是一样的”为理念的奇怪商店……

远古时期，有六位超人联手对抗怪兽守护着宇宙的和平。六超人之一的核心超人为了更好地保护民众，一直在追求最强大的力量。六超人为对抗怪兽，结合六人力量，提炼出了一股强大的能量——星之力，那是一股能突破黑暗的生命力量。但是六超人在提炼星之力的同时分离出了暗之力，暗之力拥有破坏性，为了宇宙的安全，核心超人主动将暗之力吸收。不想暗之力放大了核心超人追求力量的欲望，最终核心超人被欲望吞噬，变成了危害宇宙的暗魔。五超人只好用星之力打败了暗魔，并化成五颗能源核将暗魔封印，而星之力也不知去向。

“这是预言。一个巨大的危机，将会降临到你们五人的身上。到那时候能保护他们的只有你了。”小时候曾经历过被人诱拐的高中二年级生堂岛大介，与儿时玩伴的凯、露、爱铃爱铃、庆作一起，被卷入了不可思议的现象“涉谷漂流”之中。涉谷的市中心区穿越到了300年后的“未来”。在那里等待着他们的是，广阔无际的荒野和森林、散布的废墟……以及，未来人“revisions”与他们操纵着的巨大机械怪物。为了拯救理由不明地被肆意蹂躏着的涉谷，此时出现的是与诱拐事件中大介的恩人有着相同名字的少女·米罗。她为大介他们提供了只有他们才能驾驶的

2039年时，人类火星调查队在火星的塔尔西斯高地上发现异文明的遗迹，但却被突然出现的异生命体攻击而全军覆没。于是为了对抗被命名为塔尔西斯（Tarsian）人的异生命体的威胁，联合国组成了联合国宇宙军。2046年时，当时就读于中学三年级的长峰美加子参加联合国宇宙军的机器人驾驶选拔被录取。翌年为了追查塔尔西斯人而被编入里希提亚舰队，跟着舰队旗舰里希提亚号从地球出发，留下她所喜欢的人，寺尾昇。当调查舰队追寻塔尔西斯人的痕迹，离地球越来越远时，两人的距离变成以光年来计算，两人的移动电话电子邮件要抵达所花费的时间也

在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。另一方面，在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介

在西历2307年，虽然化石燃料枯竭了，但是人类得到了截然不同的新型能源。三台巨大的轨道升降机以及伴随它们的大规模的太阳光发电系统。但是能得到这个系统恩惠的，只有一部分大国和其同盟国而已。拥有三台轨道升降机的三个超大国群分别是，以美利坚合众国为中心的「Union」；以中国、俄罗斯、印度为中心的「人类革新联盟」；以欧洲为中心的「AEU」。各超大国家群为了自己的威信和繁荣，持续着逐渐扩大的zero-sum game。没错，即使到了24世纪，人类还未能做到同心同德……在这无法结束战斗的世界，出现了以「使用武力根绝

《EVA 新世纪福音战士新剧场版3.33：YOU CAN (NOT) REDO》。在第二部《破》的尾段，明日香不幸被第三使徒精神污染及侵食，生死未卜，但在最后的预告中却出现了戴着眼罩的明日香。而这样的独眼明日香就是驾着『改二号机』，在本作最先出场。时间已是《破》完结的14年之后，明日香28岁，而美里已经40多岁了！第三新东京市已消失……葛城美里带领着原属NERV的一些人员，脱离了NERV，成立了新的组织WILLE与NERV对抗，目标是要歼灭所有隶属NERV的EVA。铃原东治的妹妹也在美里这个组织工作。在本

激战之后，静止卫星射出的一道光芒提示着一种可能。悠人一行人一直在战斗的「艾多拉行星」或许并不是GBN的世界，而存在于现实之中。这个一度令创形者队止步不前。然而，共同对抗独眼族的佛莱迪一行人与艾多拉子民之间的羁绊，让他们再次集结在一起。没错，艾多拉中还有他们必须完成的"任务"。带着新创建的高达模型，创形者队另一场真正的战争，才正要展开。

真历71年、总人口的70%均居住在宇宙的时代，此时的世界并存著两大势力——由军事同盟发展而来的德尔西亚军事盟约连邦，与因贸易协定而扩大的环大西洋合众国（ARUS）。故事主角时缟晴人所在的中立小国吉奥尔遭到了德尔西亚军的侵略，正当他和咲森学园的一众同学都认定只能默默等待败亡之时，晴人与埋藏在地底的神秘人型兵器“Valvrave”相遇了。一场影响世界的革命，亦随着这部夺去年轻生命的机体开始酝酿……

1972年，连接地球与火星的古代文明遗产“超空间门”被发现。地球向火星派出了调查团，找到了古代文明的“Aldnoah”科技。之后，火星上成立了“弗思帝国”，与地球的联合政府开战，引发了让月球碎裂的“天堂陨落”。2014年，休战十余年的地球与火星开始进行和平谈判，弗思帝国的大公主雅赛兰来到地球进行友好访问，却在日本的新芦原遭到恐怖袭击丧命。火星骑士以此为借口，发动了对地球的侵略，居住在新芦原的界塚伊奈帆被卷入了战火。而另一方面，雅赛兰的好友，随父亲移居到火星的斯雷因却发现，公主其实并没有死……