——自由、是多么美丽、而又多么残酷啊。成功从Grace=Field House逃出的15个孩子。等待在抛弃虚伪的乐园而勇敢追求自由的他们的面前是、未曾见过的动植物、以及一路追赶而来的「鬼」……外面的世界是如此美丽，却也如此残酷。但是孩子们并没有放弃。「密涅瓦」的讯息、诺曼留下的一支笔根据这些引导，奔向明天。去迎接留在House的「家人」，为了完成那个约定。

全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD），千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。火、铁、电气、玻璃、手机……千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展——STONE WARS，就此开战！

第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束。

故事主线是讲述鲁邦三世是怪盗绅士鲁邦家族的第三代传人，是个极有正义感的小偷，每次都能历尽艰险将宝物偷到手，还会不时有些艳遇，并成功摆脱警察的追捕。作者MONKEY PUNCH将鲁邦三世塑造成一个让人无法讨厌的强盗，让读者u002F观众羡慕鲁邦三世逍遥的生活。

江户时代末期， 被称为“天人”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。

这是一个灵力为王的世界，谁拥有吞天噬月的灵力，谁就是大主宰！被踢出灵路的少年，手执大浮屠决，唤醒沉睡已久的灵兽之王。大千世界，万道争锋。少年自北灵境而出，骑九幽冥雀，闯向了那精彩绝伦的纷纭世界，主宰之路，谁主沉浮？一切尽在《大主宰》！

在人类即将被灭绝之时，六大圣殿崛起，带领着人类守住最后的领土。一名少年，为救母加入骑士圣殿，奇迹、诡计，不断在他身上上演。在这人类六大圣殿与魔族七十二柱魔神相互倾轧的世界，他能否登上象征着骑士最高荣耀的神印王座。

时代背景设定在世界变动率为“1.048596%”的2019年。在这样一个机器人已经普遍实用化的未来，种子岛中央高校的“机器人研究部”正面临废部危机，而仅有的两名部员之一的八汐海翔就算面临着如此情况，仍旧对“机器人研究部”兴趣盎然，并且依旧热衷于机器人格斗游戏。而另一位一根筋的废材部长濑乃宫秋穗为了避免被废部，正在以“完成巨型机器人”为目标奋斗着。然而某天，海翔发现了一份名为“君岛报告”的A.R.笔记。在这份笔记里面，记录着名为君岛安科的人将会把整个世界都卷进来的大阴谋……

零零柒镖局的犬玖想离家出走，另立门户，听闻最强镖局凌云将会经过洪川峡谷，于是和好兄弟闪电球前去一睹大镖局的风采。却不料路上二人遭遇RX-5机器人对凌云镖队劫镖，被意外卷入一场纷争中。虽然成功阻止了劫镖，但凌云镖队损失惨重，犬玖也受伤昏迷……这位幸运又不幸的少年在红荒大陆的冒险就这样开始了。

一个十四岁的不良少年，浦饭幽助为了救一名小孩而被汽车撞死了，由于灵界并没有预计到他的死亡，并没有他的容身之所，所以他得到了一个重生的机会。经过了灵界的考验，幽助终于重回自己的身体，并成为灵界侦探。