故事发生在遥远的未来，肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰，为了抵挡异兽的进攻，日本政府成立了防卫组织TLT，其中，夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器，是整个组织内部的中坚力量。然而，面对经过了进化的新型异生兽，夜袭队亦束手无策，在这个节骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准（桐岛优介 饰）出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中，奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉（川久保拓司 饰）是TLT里的新进成员，当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后，开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往

有关本剧的情报并不多，不过有消息源指出，该剧类似《银河奥特曼》，即主角艾克斯奥特曼可以 使用其他奥特曼战士/怪兽的力量，不过区别点在于，主角艾克斯奥特曼可以借助特殊的卡牌使用其他奥特曼战士/怪兽的力量（类似银河奥特曼的火花软胶人偶超变身设定），比如艾克斯奥特曼能数码哥莫拉卡牌“合体，并且从海报的左上方我们能看到同数码哥莫拉卡牌“合体”的X奥特曼,看起来有机甲的视觉。

很久以前，地狱的芭罗慈遗迹被成功的封印了。如果那个封印被解除拥有灭世之力的上古地狱阎魔兽扎伊古将复活。邪恶之力蠢蠢欲动。为了阻止这一切，天空大地等特殊防卫队的队员和考古学家玉城有司前往遗迹一探究竟。