很久很久以前的时代，天空中白色王国，与地上的黑色王国，保持着“均衡”并同时“循环”着。有一天，在黑色王国因被怪物袭击而毁灭的村子里，一位少年正在挖坟墓。在那个少年面前出现了上一代黑暗之王候选人史基亚斯。被史基亚斯发现的少年，决心成为黑之王子改变这个世界。而另一方面，作为白色王国守护神的光之王爱丽丝，担心光与暗的平衡被破坏。在得到破坏平衡的巴尔出现的消息后，黑暗之王为了讨伐碍眼的巴尔提出盟约。光之王爱丽丝与黑暗王国的使者兼王子相遇，两人“约定”共同建立和平的世界。但是，两人的“约定”却被黑暗之王践踏。两人交

【由浪巫谣担任主角，讲述TV版第二季《Thunderbolt Fantasy 东离剑游纪 2》的过去、于西幽发生的故事。】生来便怀有异能歌声的少年浪巫谣，自小便跟在隐遁雪山的盲眼母亲身边，接受经年累月的苛刻训练。母亲怀着野心，想将儿子的歌声锻炼成天下无双，然后送入宫廷。然而过于苛刻的训练却招致了不幸的事故，母亲在浪巫谣眼前断送了性命。失去了母亲的浪巫谣成了流浪之身。但他的异能却总被无情的人们利用，成为他们满足欲望的道具，渐渐消磨著少年的心灵。尽管如此，浪巫谣罕见的歌声终于吸引到了西幽皇女，因而得到了过去母

距离里布拉市事件已过去两年。一直在寻找失踪的贝姆等一行妖怪行踪的刑警索尼娅，根据目击情报找到了德拉古制药公司。在那里她遇见了孤身与恶势力战斗的贝罗，拒绝战斗，想成为普通女孩子的贝拉，还有一位与贝姆身形非常相似名为“贝尔姆”男子。贝尔姆与称呼自己为贝姆的索尼娅接触以来，每晚都被恶梦缠身。心爱的妻子和孩子包围的温暖家庭。与和善的街坊之间的交流。志同道合的同事，有意义的工作。那样的，对自己来说非常普通的，应该不会变的日常，发出了崩坏的声音。「我，究竟是谁・・・？」他们之间交错的命运，最终延续到妖怪人诞生的秘密。

绿色草原，是个能够使人和神奇宝贝都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美，有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘神奇宝贝-未知图腾的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了未知图腾。未知图腾将小美的心灵以结晶化呈现，最后更创造出小美最喜欢的传说神奇宝贝-炎帝，小美因此误以为爸爸变成炎帝的模样回来了，炎帝为了实现小美的心愿，并充当他的爸爸。小智的妈妈和秀力博士是旧交，因为担心小美而赶来，在这碰到刚结束对战来到这里休息的小智他们。没想到炎帝却从结晶塔中出现，将小智的妈妈暂时催眠，强

小猪佩奇是一只非常可爱的粉色小猪，她与弟弟乔治、爸爸、妈妈快乐地住在一起。小猪佩奇最喜欢做的事情是玩游戏，打扮的漂漂亮亮，渡假，以及住在小泥坑里快乐的跳上跳下！除了这些，她还喜欢到处探险，虽然有些时候会遇到一些小状况，但总可以化险为夷，而且都会带给大家意外的惊喜！

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。r服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

由“黑色”裁决“黑色”——德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！目标的共同点是？组织的目的是？不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。宿命的相遇，突然——东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。

　　在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 r　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” r　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… r　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质

柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。r杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。r在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶

在奥运会上一批名不见经传的新选手屡屡打破世界纪录，甚至是女选手打破男子纪录。这些人被媒体称为超级新人类。两年后，秦博士两年前医好的病人神秘死亡，秦发现她竟然也是超级新人类。不久秦被迫接受了一位女士的委托，与一个医疗研究小组合作研究世界范围内的超级新人类的通病--梅勒症。不久，秦发现所有的超级新人类其实是被注射了一种从沙漠中提取的物质--安非他明。后来秦自己也被骗喝下了含有安非他明的酒......　就在秦倒在沙漠中时，被沙漠里一个神秘的游牧民族所救。原来他们是用含有安非他明的花的花茎里的提取液医的他。从提取