在数千年后的未来，迈入宇宙空间的人类分裂为银河帝国与自由行星同盟两国，分别秉持着专制主义与民主主义的政体。两国相争已达150年，以漫漫银河为舞台，进行着持续不断的战斗。在漫长的战争中，银河帝国苦于门阀贵族导致的腐败，而自由行星同盟也被民主主义的弊病：暴民政治侵蚀着。而在宇宙历8世纪末，两位天才的登场开始推动历史的进程。他们是常胜的天才莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及不败的魔术师杨威利。两人分别统率着帝国军与同盟军，展开轮番激战。

在数千年后的未来，迈入宇宙空间的人类分裂为银河帝国与自由行星同盟两国，分别秉持着专制主义与民主主义的政体。两国相争已达150年，以漫漫银河为舞台，进行着持续不断的战斗。在漫长的战争中，银河帝国苦于门阀贵族导致的腐败，而自由行星同盟也被民主主义的弊病：暴民政治侵蚀着。而在宇宙历8世纪末，两位天才的登场开始推动历史的进程。他们是常胜的天才莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及不败的魔术师杨威利。两人分别统率着帝国军与同盟军，展开轮番激战。

莱因哈特终于掌握了帝国的大权，其改革获得了国民的支持。而自由行星同盟这边，不败的魔术师杨威利等人的努力总是徒劳无功，政府腐败导致国力显著倒退。就在两国势力平衡发生重大变化的时刻，第三势力费沙的自治领主鲁宾斯基决定放弃援助同盟，转而编织一个巨大的阴谋。莱因哈特得知了他绑架帝国幼帝流亡同盟的计划，却决定利用此事实现自己的野心。杨威利也意识到同盟正面临最严重的危机。而就在此时，正式参军的尤里安接到调令，前往费沙担任驻地武官。

1990年2月神户市北区俄勒冈村在孤儿院生活的双胞胎少年米奇与达利，有一天被富裕而安详的老夫妇园山夫妻收为了养子。但他们并非以「米奇」与「达利」两位少年的身份，而是以「园山秘鸟」这一位少年的身份被收养的。二人隐瞒了真实身份，在扮演园山秘鸟的同时融入俄勒冈村。二人究竟为何要扮演同一个人？其中包含着巨大的秘密和惊人的目的。

东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结