正当几个平凡的少年无意发现了一处古怪的外星武器基地时，外星人突然出现抢回了武器，并声称要毁灭地球。眼下，获得改变时空能力的少年们，是地球上唯一能对抗百万外星人入侵的防卫力量。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相。

卫斯理是联合国外星生物分析局的特别成员，负责处理地球上一切和外星生物有关的事件。某次在古董店参观一块奇异的蓝色“人骨”时，韦斯利遇到少时曾有过一面之缘的、外表看来和一般美女无异的、血液是蓝色的外星人方天涯当他想将其留住时，方天涯消失了。古董店附近发生了一宗外星生物突袭事件，美国隶属FBI的外星生物调查机构接到上级命令，派出队中精英白素和白奇伟兄妹领队到现场调查，众人与具有A级战斗...

本来，赞克·吉布斯的最大愿望就是可以拥有一部属于自己的汽车。但是当他偶然间从他父亲那数不清的发明物中发现了一块奇怪的手表并且偷偷据为己有后，他的奇妙之旅从此便开始了。周围的世界在一种神秘力量作用下，时间变得好像静止了。所有人被定在了一个固定的时间里面。很快，赞克发现，原来秘密就来自这块手表，并且他很快就掌握了操纵的窍门。于是他与他的新朋友，聪明漂亮的弗朗西斯卡一起在静止的时空里感受这无拘无牵的快乐。但事情却并非那样简单。在这个只属于他们的空间里，似乎还有其它的神秘人物，在暗处悄悄地监视着他们。

政府研发了一项秘密武器——拳神手套，它能够激活人类大脑中那未被使用的百分之九十部分，从而使使用者爆发超人的能量，十分危险，警察战廿一成为了手套的首批试用者中的一份子，然而，他的内心不满自己沦为政府操纵的木偶，于是偷走了手套，并且销毁了和手套相关的一切资料。阿风和Dark企图阻止战廿一的阴谋，最终，阿风和战廿一以及拳神手套均失去了踪迹。一晃眼数年过去，战廿一重出江湖，被洗脑的阿风则成为了他的帮手助纣为虐，战廿一企图利用拳神手套的威力统治世界，却遭到了阿虎和铁男等人的阻挠，两帮人就此结下梁子。

政府研发了一项秘密武器——拳神手套，它能够激活人类大脑中那未被使用的百分之九十部分，从而使使用者爆发超人的能量，十分危险，警察战廿一成为了手套的首批试用者中的一份子，然而，他的内心不满自己沦为政府操纵的木偶，于是偷走了手套，并且销毁了和手套相关的一切资料。阿风和Dark企图阻止战廿一的阴谋，最终，阿风和战廿一以及拳神手套均失去了踪迹。一晃眼数年过去，战廿一重出江湖，被洗脑的阿风则成为了他的帮手助纣为虐，战廿一企图利用拳神手套的威力统治世界，却遭到了阿虎和铁男等人的阻挠，两帮人就此结下梁子。

杀手基比发现他只要穿越平行宇宙，杀掉另一个时空的自己，他的能量就可变得越来越大，他最后到达了我们现在所处的宇宙，希望可以在超时空特警的追捕前，再一次地消灭另一个时空的自己。

20年前罗拉的父亲挖掘古墓得到的一个箱子里收藏了一个神秘的钟。罗拉从父亲那里知道，这个钟与一个神秘组织有关。这个叫光明会的组织相信当他们找到这个古钟后，便有了把时间与空间打开的钥匙，一把三角形的金属钥匙。多年来该组织一直在苦苦寻觅。 光明会希望通过这把钥匙让他们的组织始祖复活。但首先要找到钥匙。而且时间紧迫，两天后将出现日全蚀。这个时候三角钥匙内在的力量便会达到最大。光明会不想错过这个大好机会。罗拉扛上了这个艰巨的任务，在重重困难中寻找拯救宇宙的三角钥匙。

虽然特雷弗（布兰登·费舍 Brendan Fraser 饰）是大学的地质教授，但是却经常做出挑战传统的事情。他认为，凡尔纳的小说并不是科幻，而是真是存在的。就是因为这样的对立理论，使其被传为学院里的笑话，使得他的学术名声毁于一旦。不过特雷弗却毫不在意这些，他坚信自己的理 论是正确的。为了验证自己的理论，特雷弗带着侄子肖恩（乔什·哈切森 Josh Hutcherson 饰）和当地的向导汉娜（安妮塔·布瑞姆 Anita Briem 饰）开始了在冰岛的旅行。

源于17岁的肖恩•安德森（乔什•哈切森饰演）收到的一组发自无人知晓的神秘岛密码求救信号。 　　因为无法劝阻肖恩追踪信号来源，肖恩的继父汉克（道恩•强森饰演）只能陪着他一起踏上这段南太平洋之行。而他们最终的目的地，是一座没几个活人亲眼见过的岛屿。那里风光旎丽，鸟语花香；珍禽异兽，应有尽有；金山火山，叹为观止；是座无奇不有的神秘天堂。