传说在芭罗慈遗迹中封印着太古时代的地狱。然而对文物古迹有着强烈好奇心的黑崎硬是解开了该封印！随后，能将世界化为地狱的阎魔兽赛高古复活了！赛高古实力超群，在它强力的攻击下，艾克斯奥特曼的光芒消失了。地球会就此迎来末日吗？为了阻止赛高古，吉奥的队员们和考古学家玉城司教授抱着必死的决心前去寻回能封印赛高古的神秘之力。在千钧一发之际，玉城司的儿子悠斗那想要保护母亲的强烈愿望引发了奇迹。初代奥特曼、迪迦奥特曼就此登场！随后，吉奥与奥特英雄们合力对付以赛高古为首的怪兽军团，激战就此展开。

传说在芭罗慈遗迹中封印着太古时代的地狱。然而对文物古迹有着强烈好奇心的黑崎硬是解开了该封印！随后，能将世界化为地狱的阎魔兽赛高古复活了！赛高古实力超群，在它强力的攻击下，艾克斯奥特曼的光芒消失了。地球会就此迎来末日吗？为了阻止赛高古，吉奥的队员们和考古学家玉城司教授抱着必死的决心前去寻回能封印赛高古的神秘之力。在千钧一发之际，玉城司的儿子悠斗那想要保护母亲的强烈愿望引发了奇迹。初代奥特曼、迪迦奥特曼就此登场！随后，吉奥与奥特英雄们合力对付以赛高古为首的怪兽军团，激战就此展开。

本作品是在同一银幕上共演的SF动作电影。主演是《热血高校(Crows Zero)》系列的大东骏介及《假面骑士OOO》的渡部秀2人，制作由圆谷制作的原代表理事副社长·冈部淳也创立的株式会社BLAST负责及监督。电影舞台将会是人类将灭亡的2050年的东京。极少数数作为剩余的人类生存著的春日五兄弟、多本清岚，回到吉尔吉斯星人开始侵略地球前的过去，实际消灭吉尔吉斯星人计划。

宇航员Lee Miller与地球失去了联系，他一个人生活在国际空间站、周而复始得环绕着地球。但随着时间的流逝，生命供给系统日趋耗尽，Lee必须想尽一切办法维持头脑的情形——或者致死最低限度的生存。他的生活是幽闭恐惧症与孤独的存在，直到他在飞船上有了一个奇怪的发现…

身着一身白西装的戴夫看起来是个彬彬有礼的中年人，虽然身处现代纽约的他总显得和这个年代、这个大都市格格不入，但谁能想到，这个看起来非常真实的“人”其实是一架人形飞船，身体里住着许多外星小人。飞船在适应地球生活时惹了一堆麻烦之后，飞船竟然自主爱上了一个美丽的地球女人吉娜...

十三，一个听起来就有些阴冷的数字。在一座大厦的第十三层，科学家道格拉斯•霍尔和汉农•富勒用电脑模拟出一个逼真的1937年的洛杉矶，他们可以通过电脑进入这个虚拟世界，真实地体验1937年的生活与自己。然而一个夜里，富勒…

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J和K一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭…

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球…

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K的搭档。J应对的第一起事件就是…

吉姆是阿瓦隆号飞船上的一位工薪阶层旅客，在飞船前往太空殖民地家园2号的120年旅途中，因一次意外，他从冷冻睡眠中醒来。发现自己有可能要在这艘巨船上独自度过89年，吉姆试着重新入睡，但最终只能在安置了5000个同行人员的睡眠舱中孤独生活，处于自杀边缘的吉姆绝望中孤注一掷，于是，他唤醒了一名女乘客奥罗拉，两人在相处的期间产生了爱情的火花。而当飞船的操作系统瘫痪，这对情侣面临着更大的问题，生命受到威胁的不仅仅是他们自己，也包括同行的旅伴，和航行本身...